制備更好的單細胞神經樣本的方法

人類大腦中的細胞（約1700億個）比宇宙星系中的恒星還多，每個細胞可以有多達1萬個連接。由此可見，中樞神經系統（CNS）是十分復雜的。這些細胞的類型、轉錄組表達程序和空間排列可能是獨一無二的，并為研究健康和疾病中的中樞神經系統功能提供了關鍵的見解。

然而，這種生物復雜性造成了處理神經樣本時的技術挑戰。

▶ 如何在起始樣本的細胞和細胞核之間進行選擇？

▶ 需要做什么才能得到干凈的單細胞測序樣本？

▶ 如何優化組織以進行空間分析？

單細胞神經樣本如何更好的制備？快準備好你的小本本，答案來了！

PART01：單細胞還是細胞核？

用細胞還是細胞核做實驗？這一個重要的決定，而答案取決于具體實驗的需求。

有哪些類型的組織？

你可以自由選擇想要的組織類型。不論是新鮮組織還是固定組織都允許你選擇提取單個細胞還是細胞核。然而，冷凍組織則需要細胞核來進行實驗。

要研究什么分析物？

選擇的特定實驗可能有輸入要求：例如，單細胞GEX與細胞和核都兼容。然而，ATAC需要細胞核作為輸入，而V(D)J和細胞表面分析則需要整個細胞。

你對哪種細胞感興趣？

實驗設計考慮之后是技術考慮。一些較大的中樞神經系統細胞類型，如神經元，很難從組織中分離出來，需要使用細胞核。RNA含量低的細胞（如小膠質細胞）可能難以分解，因此選擇細胞核是更有利的。

PART02：優化必不可少

優化神經樣本準備可幫助實驗室確保重現性，獲得可靠的數據，并節省時間和資源。然而，神經組織的細胞和解剖異質性意味著你需要根據你的樣本類型、實驗方法以及你是在觀察單細胞還是空間轉錄組學來調整樣本準備。

圖片來源：doi: 10.1242/dev.200180.

髓鞘可能是來自大腦的單細胞制備的主要障礙，因為它會導致細胞和細胞核聚集在一起，造成前處理樣本很“臟”和堵塞微流體設備。雖然起始組織中的髓磷脂含量因大腦區域和發育階段而異，但在樣本中建立髓磷脂清除策略以及對最終的預文庫準備懸液的QC檢查是至關重要的。

同時，空間方法可能需要微調。最佳切片溫度、厚度和通透性時間取決于神經組織類型（大腦、眼睛和脊髓）、固定狀態和疾病類型。較硬的組織（如實體瘤）可能需要不同的切片條件，而極軟的組織（如眼睛和胚胎腦）應同時冷凍和嵌入以保存形態學。

圖片來源：doi: 10.1038/s41576-019-0150-2.

SBC深耕科研服務20年，緊隨單細胞檢測技術的推廣為廣大科研工作者提供優質的單細胞檢測服務。經過多年的摸索與實踐，我們已對包括人、大鼠、小鼠等在內的各類組織成功進行單細胞制備實驗，為單細胞后續實驗的成功開展打下了堅實的基礎。包括人，大、小鼠及其他模式生物。