單細胞轉錄組系列8-9月最新頂刊文獻速遞合集

文章標題：Engineered T cell therapy for central nervous system injury
期刊：Nature（IF：50.5）
文章摘要：該研究分析了脊髓損傷小鼠的脊髓中的T細胞，并通過單細胞RNA測序技術鑒定這些T細胞的身份。為了提高免疫療法的安全性，他們將這些T細胞進行了工程化修改，從而生成了工程化瞬時自身免疫T細胞。實驗結果顯示，這些工程化T細胞在CNS損傷小鼠模型中顯示出顯著的神經保護作用，這種保護作用部分通過調節巨噬細胞來實現。
 

 2 高分文獻二：Science丨單細胞染色質可及性揭示原發性癌癥中的惡性調控程序

文章標題：Single-cell chromatin accessibility reveals malignant regulatory programs in primary human cancers
期刊：Science（IF：44.7）
文章摘要：該研究生成了八種腫瘤類型的單細胞染色質可及性圖譜，以確定與癌癥相關的基因調控變化。腫瘤染色質的可及性受到拷貝數改變的強烈影響，這些改變可以用于識別亞克隆，然而潛在的順式調控圖譜仍保留了特定癌癥類型的特征。通過使用器官匹配的健康組織，研究人員確定了多種癌癥中的“最近健康”細胞類型，顯示出基底樣亞型乳腺癌的染色質特征最類似于分泌型的腔型上皮細胞。總體而言，這些數據和可解釋的癌癥與健康組織基因調控模型，為理解癌癥特異性基因調控提供了框架。
 

3 高分文獻三：Cancer Cell丨十年來人類腫瘤單細胞RNA測序的經驗教訓

文章標題：Cancer cell states: Lessons from ten years of single-cell RNA-sequencing of human tumors
期刊：Cancer Cell（IF：48.8）
文章摘要：該研究回顧了人類腫瘤中第一個十年的 scRNA-seq研究成果，系統總結了這十年來scRNA-seq技術在腫瘤研究中的應用及其帶來的科學突破。過去十年，scRNA-seq技術的飛速發展，使得我們能夠從單細胞水平上解析這種復雜的生物學行為，揭示出腫瘤內部的表達異質性（eITH）。通過分析這些數據，研究人員不僅能夠定義腫瘤細胞的多樣性，還能識別出腫瘤中常見的表達模式和動態過程。此外，隨著空間組學技術的發展，研究團隊還討論了如何將單細胞測序數據與腫瘤組織的空間信息相結合，以揭示腫瘤細胞狀態的空間分布及其與免疫細胞的相互作用。這種多層次的分析方法有助于更全面地理解腫瘤的異質性和進化過程。
 

文章標題：Combination anti-PD-1 and anti-CTLA-4 therapy generates waves of clonal responses that include progenitor-exhausted CD8+ T cells
期刊：Cancer Cell（IF：48.8）
文章摘要：已有研究發現免疫檢查點抑制劑（ICIs）聯合治療相比于任何單藥治療具有更好的腫瘤治療效果。該研究通過scRNA-seq、TCR-seq、流式以及開發的Cyclone算法分析，揭示PD-1和CTLA-4抑制劑聯合治療誘導耗竭細胞的多輪克隆反應，αCTLA-4主要調節祖細胞樣耗竭性T細胞的擴增而αPD-1促進耗竭性T細胞的分化，為ICIs的聯合應用提供理論指導。
 

5 高分文獻五：Nature Medicine|整合人類大腦區域單細胞轉錄組的腦細胞圖譜

文章標題：A brain cell atlas integrating single-cell transcriptomes across human brain regions
期刊：Nature Medicine（IF：58.7）
文章摘要：該研究通過整合來自 70 項人類和 103 項小鼠大腦研究的單細胞數據，涵蓋大腦各區域主要發育階段的數據，覆蓋了來自健康和和患病組織的超過 2630 萬個細胞或細胞核，展示了一個全面的腦細胞參考圖譜。使用基于機器學習的算法，腦細胞圖譜提供了一個一致的細胞類型注釋，并展示了人腦中假定的神經祖細胞和PCDH9 high小膠質細胞的細胞亞群。研究證明了海馬和前額皮質之間PCDH 9 high小膠質細胞的基因調控差異，并闡明了細胞間通訊網絡。腦細胞圖譜提供了圖譜級別的綜合資源，用于比較人類細胞圖譜中不同環境和條件下的腦細胞。
 

6 高分文獻六：Nature|RAS改變衰老狀態并影響腫瘤的發生

文章標題：Titration of RAS alters senescent state and influences tumour initiation
期刊：Nature（IF：50.5）
文章摘要：致癌RAS誘導的衰老（OIS）是一種與癌前病變相關的腫瘤抑制機制。這種表型通常需要高水平的致癌應激，但較低致癌劑量引起的表型尚不清楚。該研究開發了體外和體內致癌RAS劑量遞增模型，，揭示了RAS劑量驅動的下游表型的非線性連續體。單細胞RNA測序分析顯示，不同的肝細胞簇具有典型的OIS或祖細胞樣特征。可識別兩種不同的腫瘤類型：早發性侵襲性未分化性和晚發性分化性肝細胞癌。每種小鼠腫瘤類型的分子特征與不同的祖細胞特征相關，并在不同的人類肝細胞癌亞類中富集。總之，該研究結果證實了致癌劑量驅動的OIS，協調了早期腫瘤發生中的衰老和腫瘤起始表型。
 

7 高分文獻七：Nat Methods丨FlowSig--揭示scRNA和ST細胞間流動網絡新方法！

文章標題：Inferring pattern-driving intercellular flows from single-cell and spatial transcriptomics
期刊：Nat Methods（IF：36.1）
文章摘要：該研究開發了一種新方法FlowSig ，用于從單細胞 RNA 測序 (scRNA-seq) 和空間轉錄組學 (ST) 數據中由配體-受體相互作用描述的定向細胞間流動，從而挖掘出驅動組織規模的基因表達模式。無論是 scRNA-seq 還是 ST 數據，FlowSig 都會生成表示流入信號、細胞內基因模塊 (GEMs) 和流出信號。此外，對于 scRNA-seq 數據，GEMs被用來表示與特定細胞類型相關的基因表達模式；對于 ST 數據，GEMs 則包含了與空間位置相關的基因表達模式。通過分析這些 GEMs 在不同數據類型中的關聯性，FlowSig 能夠識別出特定的調控因子和通信模式在空間和時間維度上的變化。
 

8 高分文獻八：Nat Genet丨人類子宮內膜單細胞參考圖譜
 

文章標題：An integrated single-cell reference atlas of the human endometrium
期刊：Nat Genet（IF：31.7）
文章摘要：該研究繪制了新的子宮內膜細胞圖譜（HECA），發現了多種新的細胞類型。這些細胞只存在于月經周期的某些階段，取決于激素水平。細胞對激素水平的反應對月經周期的進展和生育能力至關重要，這些細胞可能為與激素破壞有關的疾病(如生育狀況)提供有希望的治療靶點。研究還發現了免疫細胞巨噬細胞(一種被稱為基質細胞的結締組織細胞)和血管細胞之間在子宮內膜無疤痕再生過程中的相互作用。了解這些途徑在常見的月經狀況下是如何被破壞的，比如子宮內膜繼續脫落的異常出血，可能有助于找到新的干預措施。