GeoMx DSP技術助力下咽鱗狀細胞癌的腫瘤微環境研究

 
文章題目：空間轉錄組學揭示下咽鱗狀細胞癌的腫瘤微環境及SLCO2A1與腫瘤抑制的相關性

下咽鱗狀細胞癌（HSCC）是一種具有惡性特征和較差預后的頭頸部腫瘤。該項研究利用DSP技術首次對HSCC進行了空間轉錄組學分析。研究樣本包括來自四位患者的原位腫瘤組織、腫瘤周圍組織及淋巴轉移組織。通過分析所有ROI超過18,000個基因的表達，發現腫瘤組織中的成纖維細胞可能參與腫瘤的發生發展，淋巴轉移組織的免疫浸潤低于原位腫瘤。研究還揭示了與預后相關的基因表達差異，例如SLCO2A1在腫瘤和淋巴轉移組織中顯著下調，并與免疫浸潤相關，且其過表達可抑制Fadu細胞的增殖和轉移，表明SLCO2A1可能是HSCC的腫瘤抑制基因，可作為診斷和治療的潛在靶點。
 

技術路線

2 空間轉錄組技術 

形態學標記：PanCK(上皮細胞)、CD45(免疫細胞)、αSMA(成纖維細胞)和SYTO 13(核染色)。Panel：GeoMx® Whole Transcriptome Atlas
 

DSP技術：下咽癌、鄰近正常組織和淋巴轉移組織的空間分布圖

3 樣本信息 

 
4 文章結論 

通過DSP技術分析4例HSCC患者的正常、腫瘤和淋巴組織中的上皮細胞、成纖維細胞和免疫細胞的基因表達差異，揭示了與腫瘤發生和免疫微環境相關的關鍵基因變化。研究發現，在腫瘤組織中，與正常組織相比，SLCO2A1在腫瘤上皮細胞和成纖維細胞中表達下調，而該基因在頭頸鱗狀細胞癌（HNSCC）中與良好預后有關。此外，MPPED2在淋巴轉移組織的上皮細胞中上調，而IGHM和FCRL2在淋巴轉移組織的免疫細胞中也顯示上調。功能富集和免疫浸潤分析進一步支持了這些基因的功能特性。研究還通過qRT-PCR、免疫組化染色及基因表達生存分析驗證了SLCO2A1在HSCC中的抑癌作用，表明其能夠抑制HSCC的增殖和轉移，并且與HNSCC中的免疫浸潤呈正相關。因此，文章得出SLCO2A1可能是HSCC的一種潛在抗癌靶點和良好的預后標志物，提供了未來診斷和治療的新方向。

主要結論圖