DAP-seq應(yīng)用于褪黑素促進種子萌發(fā)的分子機制研究

2022年8月，安徽農(nóng)業(yè)大學(xué)、中國水稻研究所和上海市農(nóng)業(yè)科學(xué)院作物育種栽培研究所在The Plant Journal（IF=5.726）期刊聯(lián)合發(fā)表了題為“OsSGT1 promotes melatonin-ameliorated seed tolerance to chromium stress by affecting the OsABI5-OsAPX1 transcriptional module in rice”的文章，揭示了OsSGT1和ABI5相互作用，調(diào)控OsAPX1的表達，促進褪黑素改善種子在鉻污染條件下萌發(fā)的分子機制。其中藍景科信河北生物科技有限公司提供了DAP-seq的技術(shù)支持。

 

隨著人類活動的加劇，重金屬污染日益成為威脅人類健康、生態(tài)安全的全球性問題。其中，鉻污染已成為世界范圍內(nèi)的環(huán)境問題。鉻抑制種子萌發(fā)、光合作用和礦質(zhì)的吸收。種子萌發(fā)在后續(xù)幼苗形態(tài)建成中起著關(guān)鍵作用，由于其固著的生活方式，更容易受到不利環(huán)境的影響。已有研究表明褪黑素（Mel）可以緩解鉻脅迫，促進植物生長發(fā)育。但Mel緩解Cr毒性的機制，并不完全清楚。

 

該研究發(fā)現(xiàn)Mel在水稻種子萌發(fā)過程中顯著緩解了Cr脅迫，并且在OsSGT1過表達材料中觀察到萌發(fā)性能有顯著改善，而OsSGT1和/或OsABI5的突變顯著消除了Mel介導(dǎo)的對Cr脅迫的緩解作用。互補實驗表明，恢復(fù)OsSGT1的表達并不能彌補sgt1-1abi5突變體中Mel介導(dǎo)的Cr脅迫下微弱的萌發(fā)表現(xiàn)，但恢復(fù)OsSGT1驅(qū)動下的OsABI5的表達，sgt1-1abi5突變體中Mel介導(dǎo)的種子萌發(fā)和OsAPX1的表達顯著恢復(fù)。通過DAP-seq實驗，找到了OsABI5直接調(diào)控的OsAPX1基因，其編碼產(chǎn)物促進H₂O₂清除以維持氧化還原穩(wěn)態(tài)，這對種子萌發(fā)至關(guān)重要。

圖1. 褪黑素對OsAPX1表達的影響

(a) WT、sgtl、sgtl-labi5和abi5材料在鉻(Cr)脅迫7天后OsAPX1的表達情況。(b) WT^empty、OEl、OE2、OE3、sgtl-labi5-ICOM^AS、sgtl-labi5-2COM^AS、sgtl-labi5-1COM^SA和sgtl-labi52COM^SA在Cr脅迫7天后OsAPX1的表達情況。 (c) DAP-seq分析OsABI5結(jié)合到OsAPX1的peak分布圖。(d) EMSA驗證OsABI5與OsAPX1啟動子有相互作用。 (e) OsAPX1啟動子區(qū)域的ChIP-qPCR分析。(f) 酵母單雜交(Y1H)檢測OsABI5與OsAPX1啟動子區(qū)域的結(jié)合。

 

本文總結(jié)

本研究表明OsSGT1協(xié)調(diào)OsABI5靶向OsAPX1，介導(dǎo)褪黑素緩解Cr脅迫對種子萌發(fā)的影響，這為Mel在生產(chǎn)中的應(yīng)用提供了指導(dǎo)。
 

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DAP-seq高通量地鑒定轉(zhuǎn)錄因子在基因組上的結(jié)合位點，預(yù)測下游基因。藍景科信擁有100+物種，1000+轉(zhuǎn)錄因子的DAP-seq實戰(zhàn)經(jīng)驗。我們使用該技術(shù)已助力客戶在許多期刊發(fā)表文章，例如：Molecular Plant，The Plant Cell，Plant Physiology，Plant Biotechnology Journal，Journal of Integrative Plant Biology，New Phytologist等。