MeRIP-qPCR方法原理、結果含義、展示方法及應用細談
m6A等RNA修飾的主要研究手段是通過MeRIP方法對發生修飾的片段進行富集，其后進行高通量測序分析修飾位點。而無論是一篇僅展示修飾位點分布特點的譜學文章，還是深入研究修飾調控基因表達機制的文章，在高通量測序這一步之后，通常都需要對篩選出來的部分修飾位點進行低通量的MeRIP-qPCR驗證。這個實驗說來簡單卻必不可少，對于剛剛接觸RNA修飾研究的小伙伴來說，可能會對MeRIP-qPCR的方法原理、結果含義、展示方法等有一些疑問，而看文章中又常常是幾句話帶過，無法解答心中的困惑，看過仍然對自己手里的數字一頭霧水。這次我們就在這里詳細談一談MeRIP-qPCR相關問題。
1.MeRIP-qPCR的目的是什么？
首先我們需要明確的是，MeRIP-qPCR的目的是驗證某個目標基因上的某個修飾位點（以一小段區域的形式，MeRIP法精確不到單堿基）的修飾水平。
得到的結果往往是一個%（IP/Input）的數值，它體現的是該位點的修飾水平（可以大致理解為：這個轉錄本表達了很多條，其中百分之多少是這個位點有修飾的？）需要與普通qPCR驗證基因表達水平（可以大致理解為：這個轉錄本表達了多少條？）的目的區分開。
2.MeRIP-qPCR的實驗方法？
MeRIP-qPCR就是MeRIP實驗后進行一個qPCR。
這里的MeRIP實驗同MeRIP-seq測序中的其實相同：對RNA進行片段化。然后每個樣品一分為二，一部分片段用針對該修飾的特異性抗體與RNA片段進行免疫共沉淀(IP)，留為IP樣品，另一部分不進行IP直接留作Input樣品。之后對兩部分RNA片段分別進行逆轉錄和qPCR。如果是測序，就是在這里把緊接的qPCR改為接建庫測序。
3.MeRIP-qPCR引物如何設計？
由于目的是定量位點的修飾水平，因此MeRIP-qPCR的引物不僅是針對目標基因，還要是針對其上的那個修飾位點（區域）。這個位點信息可以從：
（1）MeRIP-seq的測序結果中篩選得來
通常是一段位置坐標，比如云序生物提供的MeRIP-seq結果，某個甲基化峰位置如：chr1:111234-111567。有了這個位置信息，可以去UCSC genome browser網站:
http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway選對應的基因組版本獲取這段序列。
（2）網站預測得到
如果沒有測序，想先通過MeRIP-qPCR看看關注的某基因上是否可能存在修飾，就只能預測一下發生修飾概率高的區域位置。通常這些網站是基于研究公認的該種修飾motif序列等進行預測，需要將目標RNA的序列輸入，可生成預測結果。
m6A RNA甲基化預測網站：
http://www.cuilab.cn/sramp/
m5C RNA甲基化預測網站：
http://www.rnanut.net/rnam5cfinder/
4.MeRIP-qPCR為什么沒有內參基因？
（1）MeRIP-qPCR不需要內參來進行樣本間的均一化矯正
從結果的形式%（IP/Input）我們也可以看到，這個實驗側重看修飾的片段（IP樣品qPCR結果）占總片段（Input樣品qPCR結果）的比例，實驗目的只是要得到這兩者的比值就體現修飾水平，因此MeRIP-qPCR不涉及到普通的相對定量qPCR需要的內參：
內參是衡量不同樣品間表達量時用來均一化樣品的，比如默認GAPDH在你的各個樣本之間表達量應當相同，qPCR結果樣品A中目的基因表達量1，GAPDH表達量10；樣品B中目的基因表達量1.5，GAPDH表達量15，那么不能說因為1<1.5所以就說A樣品目的基因表達量低，因為從GAPDH來看可能只是實驗某環節中A樣品的量整體少了一些而已。而是要看A中目的基因表達量是GAPDH的0.1倍，B也是0.1倍，兩樣品中目的基因表達量其實無差別。
換做MeRIP-qPCR中，如果針對目的基因目的位點qPCR，樣品A的IP結果0.2，Input結果1；樣品B的IP結果0.3，Input結果1.5，我們的%（IP/Input）結果顯示兩個樣品甲基化水平數值都是0.2，修飾水平無差異，到此就完成了目的。
有人問那沒有做內參，萬一發生如上段提到的樣品用量等環節有差異，會不會影響修飾水平的比較？顯然，如果兩個樣品本來修飾水平相同，那么夸張地想，即使B樣品用量由于手抖加了A的10倍，qPCR結果也會IP和Input信號都增長10倍，不影響這個比值即修飾水平。
（2）沒有公認在不同樣品中修飾水平都會穩定的基因可做參照
前面第1點主要從多個樣品比較的角度解釋了MeRIP-qPCR為何不需要內參基因。
而有時出現以下情況：1）沒有分組對比，只想看下這一個（組）樣品中該基因算不算有修飾，此時有個疑問：結果的%（IP/Input）達到多少可算作有修飾？——回答是目前沒有一個定值。那么此時難免會希望能有個已知有修飾的參考基因，我們的目的基因如果水平接近或者超過就算有修飾。2）想看看MeRIP實驗體系有沒有問題，做個已知有修飾的基因當陽性對照看看效果。然而RNA修飾是一個動態的可逆的酶促反應，在同個組織細胞中的水平可能都會隨著環境千變萬化，不同組織中更是差別很大，與普通qPCR檢測基因表達時能找到穩定表達的看家基因不同，MeRIP-qPCR沒有一個穩定修飾的基因做參照，目前RNA修飾文章也都不要求有這種參照。
針對上述目的1），可以同時多做一個非特異性IgG抗體的免疫沉淀富集，對比樣品本身的IP和IgG是否有顯著差異，放在文章中作為該位點有一定程度的修飾的證據。
針對目的2），也可做IgG對照檢測體系的特異性。除此之外，云序生物代理的GenSeq m6A MeRIP試劑盒中除了提供了IgG抗體，還提供了一對m6A的陽參和一對陰參引物，是根據文獻報道的，靶向 HEK293 細胞中 m6A 修飾的某段 RNA 區域（Positive Primers）和無 m6A 修飾的某段 RNA 區域（Negative Primers）， 供有條件且感興趣的用戶驗證實驗效率和抗體特異性。但如前面所說，m6A 修飾具有很強的細胞類型特異性，無法保證在任何細胞系或樣品中，該引物都能作為很好的參照。因此，建議想對實驗體系進行進一步自驗證的用戶，采用 HEK293 細胞的 RNA 進行驗證實驗。
5.MeRIP-qPCR不能看出基因表達量？
有人想：Input樣品又沒經過IP，qPCR操作不就與普通qPCR沒什么差別，那么做了MeRIP-qPCR，不能得到基因表達量的結果嗎？比如前面MeRIP-qPCR例子中A和B樣品Input分別是1和1.5的結果可以用來看一下這個基因在兩樣品中的表達量有沒有差異？——我們不知道，因為沒有GAPDH等內參基因來計算，要看表達量的話就不知道1和1.5的差異是否是如前一段那樣由于用量差異等因素帶來的了。因此通常說起MeRIP-qPCR，結果不能用來體現基因表達量。
那如果在MeRIP-qPCR步驟中直接多擴增一個GAPDH基因，與目的基因Input聯合在一起定量表達量是否可行？我們只能說可以參考，不過由于MeRIP實驗是有片段化這一步驟的，PCR信號會弱一些，對于驗證表達量的目的來說還是推薦采用常規的qPCR步驟會更準確、風險更小。
6.IP/Input/IgG傻傻分不清：我需要做哪些、如何展示？
前面1.和2.兩個環節談到過，IP是用該修飾的特異性抗體，通過免疫共沉淀富集帶修飾的片段，Input是不進行富集的所有片段，這兩個是MeRIP-qPCR必做的，每個樣品分別做了這兩部分的PCR結果合起來計算才能體現修飾水平，達到實驗的目的。而IgG如4（2）提到，是用非特異性抗體，通過免疫共沉淀富集非特異性結合的片段，作為對IP的對照，證明IP的信號不是源自抗體非特異性和，而是確實是針對發生修飾的片段。IgG可以選做。MeRIP-qPCR結果通常用柱狀圖展示即可，常見的如以下3種情況：
（1）只做IP和Input：展示%（IP/Input）值
如果有兩組樣品，展示一個目的基因在兩組的修飾水平。或者一組樣品，展示多個基因的修飾水平差異，可以只做IP和Input，展示%（IP/Input）值。[1][2] 
（2）做IP、IgG和Input：展示%（IP/Input）值、%（IgG/Input）值
如果為了嚴謹的證明實驗體系沒有問題，或者驗證指標只有一個分組/一個基因但需要一個對照，可以同時多做一個IgG，結果展示%（IP/Input）和%（IgG/Input）兩個柱子對照。[5][6]
（3）做IP、IgG和Input：展示Fold enrichment值（%（IP/Input）和%（IgG/Input）的比值）
如果做了IgG對照，還可以選擇用Fold Enrichment來展示，富集倍數%(IP/Input)/%( IgG/Input)，即IP比對照的IgG信號高多少倍，也可以用來體現修飾的水平。通常是分組和基因都是多個時不想一一單獨展示IgG。[7]
*以上圖參考文獻：
[1] Liu, L. , Wang, J. , Sun, G. , Wu, Q. , & Pan, Q. . (2019). M6a mrna methylation regulates ctnnb1 to promote the proliferation of hepatoblastoma. Molecular Cancer, 18(1).
[2] Tong, J. , Wang, X. , Liu, Y. , Ren, X. , Wang, A. , & Chen, Z. , et al. Pooled crispr screening identifies m 6 a as a positive regulator of macrophage activation. Science advances, 7(18), eabd4742.
[3] Yin, H. , Zhang, X. , Yang, P. , Zhang, X. , & Zhang, R. . (2021). Rna m6a methylation orchestrates cancer growth and metastasis via macrophage reprogramming. Nature Communications, 12(1).
[4] Yang, X. , Shao, F. , D Guo, Wang, W. , & Lu, Z. . (2021). Wnt/β-catenin-suppressed fto expression increases m6a of c-myc mrna to promote tumor cell glycolysis and tumorigenesis. Cell Death & Disease, 12(5).
[5] Wang, W. , Shao, F. , Yang, X. , Wang, J. , & Lu, Z. . (2021). METTL3 promotes tumour development by decreasing APC expression mediated by APC mRNA N6-methyladenosine-dependent YTHDF binding. Nature Communications.
[6]Chen, C. , Liu, W. , Guo, J. , Y Liu, & Gao, S. . (2021). Nuclear m6a reader ythdc1 regulates the scaffold function of line1 rna in mouse escs and early embryos. Protein & Cell(7849).
[7] Zhou, B. , Liu, C. , Xu, L. , Yuan, Y. , & Ma, X. . (2020). N 6 -methyladenosine reader protein ythdc2 suppresses liver steatosis via regulation of mrna stability of lipogenic genes. Hepatology.
7.MeRIP-qPCR結果的計算？
MeRIP-qPCR結果計算如下表:
*其中DF和IF分別是稀釋倍數。是說一個樣品，由于其中IP到的RNA量一定會比不IP直接保留的Input的RNA量少很多，IP和Input實際取來做逆轉錄+qPCR的模板稀釋倍數不同，因此要把這個倍數考慮進去。比如15μg的片段化RNA經過IP后的RNA全部拿去做IP樣品的qPCR實驗得到Ct值A1, 另3μg的片段化RNA用來作為Input樣品qPCR得到Ct值B1，則%(IP/Input)=2(B1-A1)*（3/15）*100。IgG/Input的計算也是同理。
云序生物m6A修飾研究五大模塊
01 m6ARNA修飾測序
m6A RNA修飾測序（m6A-meRIP-seq）
對m6A RNA甲基化，目前流行的檢測手段為m6A-Seq技術，適用于m6A RNA甲基化譜研究，快速篩選m6A RNA甲基化靶基因。云序可提供mRNA和多種非編碼RNA的m6A測序：
● m6A 全轉錄組測序（涵蓋mRNA，LncRNA，circRNA）
● m6A LncRNA測序（涵蓋LncRNA和mRNA）
● m6A Pri-miRNA測序（涵蓋Pri-miRNA和mRNA）
● m6A mRNA測序
● m6A miRNA測序
02 檢測整體m6ARNA修飾水平
LC-MS/MS檢測整體RNA修飾水平
精準高效，可以實現一次檢測，9類修飾水平檢測，一步到位。
比色法檢測整體RNA修飾水平
快速檢測m6A整體甲基化水平
03 m6A RNA修飾上游酶的篩選
m6A RNA修飾相關酶PCR芯片
尋找上游直接調控m6A RNA甲基化的甲基轉移酶。
04 m6A RNA修飾靶基因驗證
meRIP-qPCR
云序提供各類不同修飾的meRIP-qPCR服務，可針對mRNA，lncRNA，環狀RNA等不同類型的RNA分子進行檢測，低通量驗證RNA修飾靶基因表達水平。
05機制互作研究
5.1 RIP-seq/qPCR
篩選或驗證RNA修飾直接靶點，研究RNA修飾靶基因的調控機制。
5.2 RNA pull down -MS/WB
篩選或驗證目標RNA互作基因或蛋白，研究相應的分子調控機制。
5.3 雙熒光素酶實驗
驗證兩基因互作，研究相應的分子調控機制。
5.4 ChIP-seq
篩選或驗證目標蛋白與DNA互作，研究相應的分子調控機制。
1.MeRIP-qPCR的目的是什么？
首先我們需要明確的是，MeRIP-qPCR的目的是驗證某個目標基因上的某個修飾位點（以一小段區域的形式，MeRIP法精確不到單堿基）的修飾水平。
得到的結果往往是一個%（IP/Input）的數值，它體現的是該位點的修飾水平（可以大致理解為：這個轉錄本表達了很多條，其中百分之多少是這個位點有修飾的？）需要與普通qPCR驗證基因表達水平（可以大致理解為：這個轉錄本表達了多少條？）的目的區分開。
2.MeRIP-qPCR的實驗方法？
MeRIP-qPCR就是MeRIP實驗后進行一個qPCR。
這里的MeRIP實驗同MeRIP-seq測序中的其實相同：對RNA進行片段化。然后每個樣品一分為二，一部分片段用針對該修飾的特異性抗體與RNA片段進行免疫共沉淀(IP)，留為IP樣品，另一部分不進行IP直接留作Input樣品。之后對兩部分RNA片段分別進行逆轉錄和qPCR。如果是測序，就是在這里把緊接的qPCR改為接建庫測序。
3.MeRIP-qPCR引物如何設計？
由于目的是定量位點的修飾水平，因此MeRIP-qPCR的引物不僅是針對目標基因，還要是針對其上的那個修飾位點（區域）。這個位點信息可以從：
（1）MeRIP-seq的測序結果中篩選得來
通常是一段位置坐標，比如云序生物提供的MeRIP-seq結果，某個甲基化峰位置如：chr1:111234-111567。有了這個位置信息，可以去UCSC genome browser網站:
http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway選對應的基因組版本獲取這段序列。
（2）網站預測得到
如果沒有測序，想先通過MeRIP-qPCR看看關注的某基因上是否可能存在修飾，就只能預測一下發生修飾概率高的區域位置。通常這些網站是基于研究公認的該種修飾motif序列等進行預測，需要將目標RNA的序列輸入，可生成預測結果。
m6A RNA甲基化預測網站：
http://www.cuilab.cn/sramp/
m5C RNA甲基化預測網站：
http://www.rnanut.net/rnam5cfinder/
4.MeRIP-qPCR為什么沒有內參基因？
（1）MeRIP-qPCR不需要內參來進行樣本間的均一化矯正
從結果的形式%（IP/Input）我們也可以看到，這個實驗側重看修飾的片段（IP樣品qPCR結果）占總片段（Input樣品qPCR結果）的比例，實驗目的只是要得到這兩者的比值就體現修飾水平，因此MeRIP-qPCR不涉及到普通的相對定量qPCR需要的內參：
內參是衡量不同樣品間表達量時用來均一化樣品的，比如默認GAPDH在你的各個樣本之間表達量應當相同，qPCR結果樣品A中目的基因表達量1，GAPDH表達量10；樣品B中目的基因表達量1.5，GAPDH表達量15，那么不能說因為1<1.5所以就說A樣品目的基因表達量低，因為從GAPDH來看可能只是實驗某環節中A樣品的量整體少了一些而已。而是要看A中目的基因表達量是GAPDH的0.1倍，B也是0.1倍，兩樣品中目的基因表達量其實無差別。
換做MeRIP-qPCR中，如果針對目的基因目的位點qPCR，樣品A的IP結果0.2，Input結果1；樣品B的IP結果0.3，Input結果1.5，我們的%（IP/Input）結果顯示兩個樣品甲基化水平數值都是0.2，修飾水平無差異，到此就完成了目的。
有人問那沒有做內參，萬一發生如上段提到的樣品用量等環節有差異，會不會影響修飾水平的比較？顯然，如果兩個樣品本來修飾水平相同，那么夸張地想，即使B樣品用量由于手抖加了A的10倍，qPCR結果也會IP和Input信號都增長10倍，不影響這個比值即修飾水平。
前面第1點主要從多個樣品比較的角度解釋了MeRIP-qPCR為何不需要內參基因。
而有時出現以下情況：1）沒有分組對比，只想看下這一個（組）樣品中該基因算不算有修飾，此時有個疑問：結果的%（IP/Input）達到多少可算作有修飾？——回答是目前沒有一個定值。那么此時難免會希望能有個已知有修飾的參考基因，我們的目的基因如果水平接近或者超過就算有修飾。2）想看看MeRIP實驗體系有沒有問題，做個已知有修飾的基因當陽性對照看看效果。然而RNA修飾是一個動態的可逆的酶促反應，在同個組織細胞中的水平可能都會隨著環境千變萬化，不同組織中更是差別很大，與普通qPCR檢測基因表達時能找到穩定表達的看家基因不同，MeRIP-qPCR沒有一個穩定修飾的基因做參照，目前RNA修飾文章也都不要求有這種參照。
針對上述目的1），可以同時多做一個非特異性IgG抗體的免疫沉淀富集，對比樣品本身的IP和IgG是否有顯著差異，放在文章中作為該位點有一定程度的修飾的證據。
針對目的2），也可做IgG對照檢測體系的特異性。除此之外，云序生物代理的GenSeq m6A MeRIP試劑盒中除了提供了IgG抗體，還提供了一對m6A的陽參和一對陰參引物，是根據文獻報道的，靶向 HEK293 細胞中 m6A 修飾的某段 RNA 區域（Positive Primers）和無 m6A 修飾的某段 RNA 區域（Negative Primers）， 供有條件且感興趣的用戶驗證實驗效率和抗體特異性。但如前面所說，m6A 修飾具有很強的細胞類型特異性，無法保證在任何細胞系或樣品中，該引物都能作為很好的參照。因此，建議想對實驗體系進行進一步自驗證的用戶，采用 HEK293 細胞的 RNA 進行驗證實驗。
5.MeRIP-qPCR不能看出基因表達量？
有人想：Input樣品又沒經過IP，qPCR操作不就與普通qPCR沒什么差別，那么做了MeRIP-qPCR，不能得到基因表達量的結果嗎？比如前面MeRIP-qPCR例子中A和B樣品Input分別是1和1.5的結果可以用來看一下這個基因在兩樣品中的表達量有沒有差異？——我們不知道，因為沒有GAPDH等內參基因來計算，要看表達量的話就不知道1和1.5的差異是否是如前一段那樣由于用量差異等因素帶來的了。因此通常說起MeRIP-qPCR，結果不能用來體現基因表達量。
那如果在MeRIP-qPCR步驟中直接多擴增一個GAPDH基因，與目的基因Input聯合在一起定量表達量是否可行？我們只能說可以參考，不過由于MeRIP實驗是有片段化這一步驟的，PCR信號會弱一些，對于驗證表達量的目的來說還是推薦采用常規的qPCR步驟會更準確、風險更小。
6.IP/Input/IgG傻傻分不清：我需要做哪些、如何展示？
前面1.和2.兩個環節談到過，IP是用該修飾的特異性抗體，通過免疫共沉淀富集帶修飾的片段，Input是不進行富集的所有片段，這兩個是MeRIP-qPCR必做的，每個樣品分別做了這兩部分的PCR結果合起來計算才能體現修飾水平，達到實驗的目的。而IgG如4（2）提到，是用非特異性抗體，通過免疫共沉淀富集非特異性結合的片段，作為對IP的對照，證明IP的信號不是源自抗體非特異性和，而是確實是針對發生修飾的片段。IgG可以選做。MeRIP-qPCR結果通常用柱狀圖展示即可，常見的如以下3種情況：
（1）只做IP和Input：展示%（IP/Input）值
如果有兩組樣品，展示一個目的基因在兩組的修飾水平。或者一組樣品，展示多個基因的修飾水平差異，可以只做IP和Input，展示%（IP/Input）值。[1][2]
*為了便于直觀體現組間的比較，有時會將所有%（IP/Input）數值統一除以第一組樣品或第一個基因的%（IP/Input）數值，使柱狀圖中第一組樣品或第一個基因的柱高是1，相當于全部以第一組樣品或第一個基因為基準展示相對修飾水平。經這種處理后通常縱坐標會稱為relative enrichment、relative level.[3][4]
如果為了嚴謹的證明實驗體系沒有問題，或者驗證指標只有一個分組/一個基因但需要一個對照，可以同時多做一個IgG，結果展示%（IP/Input）和%（IgG/Input）兩個柱子對照。[5][6]
（3）做IP、IgG和Input：展示Fold enrichment值（%（IP/Input）和%（IgG/Input）的比值）
如果做了IgG對照，還可以選擇用Fold Enrichment來展示，富集倍數%(IP/Input)/%( IgG/Input)，即IP比對照的IgG信號高多少倍，也可以用來體現修飾的水平。通常是分組和基因都是多個時不想一一單獨展示IgG。[7]
*以上圖參考文獻：
[1] Liu, L. , Wang, J. , Sun, G. , Wu, Q. , & Pan, Q. . (2019). M6a mrna methylation regulates ctnnb1 to promote the proliferation of hepatoblastoma. Molecular Cancer, 18(1).
[2] Tong, J. , Wang, X. , Liu, Y. , Ren, X. , Wang, A. , & Chen, Z. , et al. Pooled crispr screening identifies m 6 a as a positive regulator of macrophage activation. Science advances, 7(18), eabd4742.
[3] Yin, H. , Zhang, X. , Yang, P. , Zhang, X. , & Zhang, R. . (2021). Rna m6a methylation orchestrates cancer growth and metastasis via macrophage reprogramming. Nature Communications, 12(1).
[4] Yang, X. , Shao, F. , D Guo, Wang, W. , & Lu, Z. . (2021). Wnt/β-catenin-suppressed fto expression increases m6a of c-myc mrna to promote tumor cell glycolysis and tumorigenesis. Cell Death & Disease, 12(5).
[5] Wang, W. , Shao, F. , Yang, X. , Wang, J. , & Lu, Z. . (2021). METTL3 promotes tumour development by decreasing APC expression mediated by APC mRNA N6-methyladenosine-dependent YTHDF binding. Nature Communications.
[6]Chen, C. , Liu, W. , Guo, J. , Y Liu, & Gao, S. . (2021). Nuclear m6a reader ythdc1 regulates the scaffold function of line1 rna in mouse escs and early embryos. Protein & Cell(7849).
[7] Zhou, B. , Liu, C. , Xu, L. , Yuan, Y. , & Ma, X. . (2020). N 6 -methyladenosine reader protein ythdc2 suppresses liver steatosis via regulation of mrna stability of lipogenic genes. Hepatology.
7.MeRIP-qPCR結果的計算？
MeRIP-qPCR結果計算如下表:
云序生物m6A修飾研究五大模塊
01 m6ARNA修飾測序
m6A RNA修飾測序（m6A-meRIP-seq）
對m6A RNA甲基化，目前流行的檢測手段為m6A-Seq技術，適用于m6A RNA甲基化譜研究，快速篩選m6A RNA甲基化靶基因。云序可提供mRNA和多種非編碼RNA的m6A測序：
● m6A 全轉錄組測序（涵蓋mRNA，LncRNA，circRNA）
● m6A LncRNA測序（涵蓋LncRNA和mRNA）
● m6A Pri-miRNA測序（涵蓋Pri-miRNA和mRNA）
● m6A mRNA測序
● m6A miRNA測序
02 檢測整體m6ARNA修飾水平
LC-MS/MS檢測整體RNA修飾水平
精準高效，可以實現一次檢測，9類修飾水平檢測，一步到位。
比色法檢測整體RNA修飾水平
快速檢測m6A整體甲基化水平
03 m6A RNA修飾上游酶的篩選
m6A RNA修飾相關酶PCR芯片
尋找上游直接調控m6A RNA甲基化的甲基轉移酶。
04 m6A RNA修飾靶基因驗證
meRIP-qPCR
云序提供各類不同修飾的meRIP-qPCR服務，可針對mRNA，lncRNA，環狀RNA等不同類型的RNA分子進行檢測，低通量驗證RNA修飾靶基因表達水平。
05機制互作研究
5.1 RIP-seq/qPCR
篩選或驗證RNA修飾直接靶點，研究RNA修飾靶基因的調控機制。
5.2 RNA pull down -MS/WB
篩選或驗證目標RNA互作基因或蛋白，研究相應的分子調控機制。
5.3 雙熒光素酶實驗
驗證兩基因互作，研究相應的分子調控機制。
5.4 ChIP-seq
篩選或驗證目標蛋白與DNA互作，研究相應的分子調控機制。
上海云序生物科技有限公司
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