2019年云序RNA甲基化修飾領域文章匯總
文章導讀
感恩有你，一路同行！2019年末，云序生物攜全體員工對一直以來關心和支持公司發展的廣大新老客戶致以最誠摯的問候！光陰如梭，一年轉瞬又將成為歷史，新的一年意味著新的起點、新的機遇、新的挑戰，決心再接再厲，更上一層樓。回首即將過去的2019，云序生物不斷創新，碩果累累；展望2020，任重道遠卻信心倍增！
回顧云序生物的2019，云序客戶在RNA修飾領域發表多篇文章，請參考往期回顧：
云序客戶揭秘m6A調控胃癌細胞EMT過程再次沖擊10分文章！
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近年來，表觀轉錄組學已經成為一個熱門話題。在150多種不同的RNA修飾中，以m6A為代表的RNA修飾是近幾年的最熱點的研究方向。臨近年末，云序客戶頻頻又傳喜訊！于2019年12月23日，云序客戶上海市第十人民醫院孫奮勇團隊關于m6A在肝母細胞癌中的分子機制研究發表在Molecular Cancer雜志（影響因子=10.679）。在本研究中，作者通過對肝母細胞癌（HB）組織和癌旁組織進行m6A MeRIP-seq（云序生物提供此項服務）并分析，發現m6A主要富集在終止密碼子和CDS區。KEGG預測分析發現，發生m6A修飾的mRNA主要富集在Wnt /β-catenin通路。而且，m6A修飾水平降低會導致CTNNB1表達和穩定性下降。本篇文章表明 mRNA發生m6A修飾是HB的一種致癌機制，并鑒定CTNNB1是HB中METTL3介導的m6A修飾的靶點基因。
發表期刊：Molecular Cancer
影響因子：10.679
實驗方法：m6A MeRIP-seq、mRNA-seq、MeRIP-PCR、整體m6A修飾水平
實驗樣本：人肝母細胞癌組織vs癌旁組織（5 vs 5）
文獻鏈接：http://sci-hub.shop/10.1186/s12943-019-1119-7
文章內容
1、m6A修飾異常及METTL3、WTAP、FTO和YTHDF2在HB細胞中的功能
為了探究m6A在HB中的潛在角色，作者首先在HB組織和鄰近組織中檢測整體m6A修飾水平（云序生物提供此項服務）和m6A writers、erasers和 readers酶的表達情況。結果顯示HB組織m6A的整體水平升高，METTL3、 WTAP、FTO 和 YTHDF2表達顯著上調，METTL14、KIAA1429 和ALKBH5表達不變。然后作者在HB中下調METTL3、WTAP、 FTO和YTHDF2以探究其在HB細胞中的功能。結果顯示下調這些酶能夠顯著抑制HB細胞增殖、克隆形成能力，促進凋亡。考慮到這些基因的催化功能和m6A修飾的上調水平，作者最終選擇METTL3作為研究對象。
圖注：METTL3、WTAP、FTO、YTHDF2在HB細胞中的功能作用
2、METTL3可作為HB患者潛在的診斷和預后生物標志物
作者在25對HB病人樣本中檢測METTL3的表達，并進行了生存曲線分析和ROC曲線分析。生存曲線分析顯示METTL3的表達的高表達與復發頻繁、存活率低相關。ROC曲線分析進一步證實了METTL3具有較高的臨床診斷價值(AUC = 0.8928；P<0.0001)。
圖注：METTL3可作為HB患者潛在的診斷和預后生物標志物
3、METTL3在體內促進HB腫瘤生長
為了進一步驗證METTL3對HB的致癌潛能，作者在裸鼠體內進行皮下成瘤實驗，以檢測METTL3在HB成瘤中的功能。結果顯示METTL3可以顯著降低腫瘤的大小和重量。
圖注：METTL3在體內促進HB腫瘤生長
4、HB腫瘤中m6A修飾的mRNA的重要生物學通路
作者通過對m6A MeRIP-seq（云序生物提供此項服務）數據進行分析，在檢測到的所有1089個基因中，其中525個基因共同存在于正常組織與腫瘤組織中。作者還分析了正常組織和腫瘤組織中m6A峰值與基因數量之間的可能關系和共有motif基序，基因偏好性（主要富集在終止密碼子區和CDS區）。通過m6A MeRIP-seq和mRNA-seq（云序生物提供此項服務）進行關聯分析，結果顯示m6A修飾能夠導致基因表達上調。為了探究m6A對HB的影響，作者篩選與基因表達相關性比較強的m6A上調的基因進行KEGG預測分析，顯示主要與病毒致癌、腫瘤中蛋白多糖、內質網蛋白加工、Wnt信號通路等。由于Wnt /β-catenin信號通路能夠促使腫瘤惡化，因此作者假設上調m6A甲基化可能通過激活Wnt/β-catenin促進腫瘤的生長。其中，CTNNB1、CCND1和NKD1參與Wnt /β-catenin信號通路。其中CTNNB1的m6A豐度是最顯著的。因此作者選擇CTNNB1作為后續靶點，進行功能機制實驗。
圖注：m6A修飾的mRNA的重要生物學通路
5、m6A調控CTNNB1的活化
幾乎50-90%的HB疾病都會發生CTNNB1的突變，且CTNNB1是Wnt/β-catenin信號通路的關鍵基因，因此作者選擇CTNNB1作為后續的研究對象。發現CTNNB1在HB中顯著上調；下調CTNNB1能夠降低HB細胞的活力，促進HB細胞的凋亡。作者還發現CTNNB1和METTL3在表達上呈顯著正相關，且下調METTL3能夠降低CTNNB1的表達。m6A MeRIP-PCR（云序生物提供此項服務）結果顯示，下調METTL3能夠降低CTNNB1的甲基化水平，同時降低的m6A甲基化能降低CTNNB1的穩定性。
圖注：m6A調控CTNNB1的活化
總結
RNA 甲基化修飾依然將會是2020年國自然科研熱點。從文章來看，作者巧妙利用m6A MeRIP-seq和mRNA-seq（云序生物提供此項服務）等技術手段，探究了癌癥細胞中的m6A修飾分布情況，找到了既發生m6A修飾，又顯著高表達的下游靶基因。這種方法能夠快速鎖定m6A調控的下游靶基因并進行分子機制探究，也是云序一直推薦的研究思路。相信許多研究者關注到m6A對于癌癥的發展具有密切聯系，也是眾多科研學者競相追逐的熱點。
云序生物甲基化高通量測序產品覆蓋面廣，無論是編碼RNA還是非編碼RNA分子的修飾檢測應有盡有，除此外公司長期致力于提供優質前沿表觀研究測序產品，結合最新科研熱點繼m6A、m5C、m1A之后，隆重推出多款RNA新修飾，不僅有m7G測序，還包括m3C測序、ac4C RNA乙酰化測序、2'-O-甲基化測序產品，打造了全修飾和全分子覆蓋的研究平臺。更多咨訊請電話熱線直撥，云序RNA甲基化修飾專家給您全方位解答。
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利用m6A特異性抗體，通過免疫共沉淀技術（MeRIP方法）特異性富集發生甲基化修飾的RNA，與不處理組做對比（Input），檢測發生甲基化RNA。
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