基因工程，黃金對比：六大病毒載體技術的比較；不同基因傳遞方法的比較
銳賽生物-GeneDelivery
病毒載體
經典的病毒載體主要有四類，腺病毒，腺相關病毒，逆轉錄病毒和慢病毒。他們具備侵染細胞譜廣，效率高等特點并廣為研究人員熟知。它們的特點總結歸納如表一。
表一：六大病毒載體技術的比較
病毒載體介導的基因傳遞的優勢
通過表二，可以發現病毒載體介導的基因傳導方法相比非病毒載體，具備高效，廣譜，長期穩定表達以及能用于動物體內細胞等幾乎所有優點。
表二：不同基因傳遞方法的比較
病毒制備和感染：
腺病毒：
腺病毒基因組非常大，而且酶切位點非常少，導致很難直接制備腺病毒載體。通常通過使用穿梭載體在細菌或者包裝細胞系內進行重組從而將外源片段轉移到病毒基因組中。
慢病毒：
外源插入片段一旦被克隆至慢病毒載體后，其兩側為長片段重復序列(LTR)以及
腺相關病毒：
腺相關病毒載體含有反向末端重復序列(ITR)。輔助質粒用來表達病毒包裝必須基因(E2A, E4 VA and E1)。
注意事項：
插入片段大小和插入片段性質因素：一些插入片段的表達由于對宿主或者包裝細胞系有毒性從而使得滴度比較低。在這種情況下，使用誘導表達系統。還有一些插入片段太大或者太小都可能導致病毒包裝效率不高。 添加輔助序列增加插入片段的大小或者對病毒進行濃縮純化提高滴度。插入片段如果過大可以選擇容量更大的病毒包裝系統。
小竅門：
構建分子病毒載體時，使用recA-細菌擴增病毒分子載體。當轉染包裝細胞時，盡可能使用傳代次數低的細胞。
注意事項：
使用純度盡可能高的質粒，最理想的是經過氯化銫密度梯度離心純化的質粒。收獲病毒后，推薦進行病毒濃縮并使用病毒純化試劑盒或者氯化銫密度梯度離心純化。
小竅門：
用病毒去感染細胞時，加入polybrene會增加感染效率
小竅門：
將病毒凍存在-80°C。但盡量減少凍融次數，推薦分裝成單次使用量的小容量包裝。避免反復凍融3次以上。
表三：化學，物理和病毒載體方法進行基因傳遞的具體優缺點比較
基因傳遞方法 優點 缺點
病毒載體 • 高感染效率，廣譜性高 • 制備復雜
• 適合大規模實驗操作 • 對病毒載體質量要求高
• 能高效感染體內細胞 • 需要低溫(-80°C )儲存
• 可以在體內感染特定細胞 • 價格偏高
• 易篩選細胞穩定株 • 部分病毒載體對基因大小有容量限制
化學方法 • 部分細胞轉染效率高 • 廣譜性不高
• 易操作 • 部分試劑毒性大
• 對轉染基因大小容量限制小 • 體內轉染效果差
• 試劑穩定，易儲存
物理方法 • 對大部分體外細胞轉染效率高 • 需要購買昂貴設備
• 易操作 • 體內轉染可操作性差
• 不受基因大小限制 • 部分原代，非分裂細胞轉染效果差
為什么是shRNA？
外源導入的siRNA結合RISC復合物的能力要比shRNA低10倍，雖然將siRNA的長度增加到29-30 nt可以增加結合RISC復合物的效率，但也增加了off target效應，引起更多的非專一性基因干擾。shRNA由于模擬microRNA的作用通路，所以相比siRNA其基因沉默效率更高。siRNA和shRNA的優缺點見表四。銳賽選擇使用病毒載體介導的shRNA干擾，并通過構建shRNA穩定株，能最大程度的避免使用體外化學合成的siRNA所帶來的一系列問題。
a: 1) 改善off target效應; 2) 提高細胞內穩定性
表六：不同轉染方法介導的穩定整合參數比較
表七：不同病毒載體介導的基因傳導的特性比較
病毒載體
經典的病毒載體主要有四類，腺病毒，腺相關病毒，逆轉錄病毒和慢病毒。他們具備侵染細胞譜廣，效率高等特點并廣為研究人員熟知。它們的特點總結歸納如表一。
表一：六大病毒載體技術的比較
| 載體 | 感染廣譜性 | 靶細胞類型 | 表達形式 | 表達時間 | 免疫原性 | 外源片段容量(Kb) | 滴度(TU/ml) | 缺點 |
| 腺病毒載體 | 高 | 分裂和非分裂 | 非整合 | 2-4周 | 高 | 36 | 1012 | 免疫原性高，瞬時表達 |
| 腺相關病毒載體 | 中 | 非分裂為主分裂 | 非整合為主;整合 | 數年 | 無 | 4 | 1012 | 外源片段容量小 |
| 逆轉錄病毒載體 | 中 | 分裂 | 整合 | 數年 | 低 | 8 | 108 | 不能感染非分裂細胞 |
| 慢病毒載體 | 高 | 分裂和非分裂 | 整合 | 數年 | 低 | 5－8 | 1010 | 外源片段容量小 |
| 狂犬病病毒載體 | 對腦神經細胞侵染效率高 | 分裂和非分裂 | 整合 | 無 | ||||
| 昆蟲桿狀病毒載體 | 中 | 分裂 | 整合 | 數年 | 低 | 1012 | 感染譜數據庫還有待豐富 |
病毒載體介導的基因傳遞的優勢
通過表二，可以發現病毒載體介導的基因傳導方法相比非病毒載體，具備高效，廣譜，長期穩定表達以及能用于動物體內細胞等幾乎所有優點。
表二：不同基因傳遞方法的比較
| 載體/方法 | 適用靶細胞類型 | 基因傳遞廣譜性 | 動物體內基因傳遞能力 | 操作便捷性 | 細胞毒性 | 長期表達能力 | 引起免疫反應 |
| 化學試劑 | 1，部分貼壁細胞 2，部分懸浮細胞 |
低 | 極低 | 高 | 低到中 | 低 | 低 |
| 電轉 | 1，部分懸浮細胞 2，部分貼壁細胞 |
中 | 可操作性低 | 中 | 低到中 | 低 | 無 |
| 病毒載體 | 1，幾乎所有貼壁細胞 2，幾乎所有懸浮細胞 3，幾乎所有非分裂細胞 |
高 | 高 | 高 | 低 | 高 | 低到中 |
病毒制備和感染：
腺病毒：
腺病毒基因組非常大，而且酶切位點非常少，導致很難直接制備腺病毒載體。通常通過使用穿梭載體在細菌或者包裝細胞系內進行重組從而將外源片段轉移到病毒基因組中。
慢病毒：
外源插入片段一旦被克隆至慢病毒載體后，其兩側為長片段重復序列(LTR)以及
腺相關病毒：
腺相關病毒載體含有反向末端重復序列(ITR)。輔助質粒用來表達病毒包裝必須基因(E2A, E4 VA and E1)。
注意事項：
插入片段大小和插入片段性質因素：一些插入片段的表達由于對宿主或者包裝細胞系有毒性從而使得滴度比較低。在這種情況下，使用誘導表達系統。還有一些插入片段太大或者太小都可能導致病毒包裝效率不高。 添加輔助序列增加插入片段的大小或者對病毒進行濃縮純化提高滴度。插入片段如果過大可以選擇容量更大的病毒包裝系統。
小竅門：
構建分子病毒載體時，使用recA-細菌擴增病毒分子載體。當轉染包裝細胞時，盡可能使用傳代次數低的細胞。
注意事項：
使用純度盡可能高的質粒，最理想的是經過氯化銫密度梯度離心純化的質粒。收獲病毒后，推薦進行病毒濃縮并使用病毒純化試劑盒或者氯化銫密度梯度離心純化。
小竅門：
用病毒去感染細胞時，加入polybrene會增加感染效率
小竅門：
將病毒凍存在-80°C。但盡量減少凍融次數，推薦分裝成單次使用量的小容量包裝。避免反復凍融3次以上。
表三：化學，物理和病毒載體方法進行基因傳遞的具體優缺點比較
基因傳遞方法 優點 缺點
病毒載體 • 高感染效率，廣譜性高 • 制備復雜
• 適合大規模實驗操作 • 對病毒載體質量要求高
• 能高效感染體內細胞 • 需要低溫(-80°C )儲存
• 可以在體內感染特定細胞 • 價格偏高
• 易篩選細胞穩定株 • 部分病毒載體對基因大小有容量限制
化學方法 • 部分細胞轉染效率高 • 廣譜性不高
• 易操作 • 部分試劑毒性大
• 對轉染基因大小容量限制小 • 體內轉染效果差
• 試劑穩定，易儲存
物理方法 • 對大部分體外細胞轉染效率高 • 需要購買昂貴設備
• 易操作 • 體內轉染可操作性差
• 不受基因大小限制 • 部分原代，非分裂細胞轉染效果差
為什么是shRNA？
外源導入的siRNA結合RISC復合物的能力要比shRNA低10倍，雖然將siRNA的長度增加到29-30 nt可以增加結合RISC復合物的效率，但也增加了off target效應，引起更多的非專一性基因干擾。shRNA由于模擬microRNA的作用通路，所以相比siRNA其基因沉默效率更高。siRNA和shRNA的優缺點見表四。銳賽選擇使用病毒載體介導的shRNA干擾，并通過構建shRNA穩定株，能最大程度的避免使用體外化學合成的siRNA所帶來的一系列問題。
| siRNA | shRNA | 雙功能shRNA | ||
| RNA干擾片段運輸 | 進入體外細胞 難易程度 |
中等 (轉染效率依細胞而定，差異大) | 容易 (使用病毒載體) | 容易 (使用病毒載體) |
| 進入動物體內 細胞難易程度 |
低 (轉染效率依組織特性而定，且需要較高劑量，可能引起off target效應) | 容易 (使用病毒載體，發揮功能需要的拷貝數低) | 容易 (使用病毒載體，發揮功能需要的拷貝數低) | |
| 進入細胞的方式 | 化學試劑轉染 | 化學試劑轉染；病毒載體轉導 | 化學試劑轉染；病毒載體轉導 | |
| 細胞內代謝速度 | 強(48小時內99%被降解) | 弱 | 弱 | |
| 作用機制 |
結合RISC復合物能力 | 弱 | 強 (10倍強于siRNA) | 超強 |
| 達到沉默效果需要的拷貝數 | 高 | 低 (5個拷貝左右即可) | 超低 | |
| 脫靶效應 (off target effects) |
化學修飾能力a | 易修飾;修飾價格昂貴 | 無法修飾 | 無法修飾 |
| 免疫信號通路反應 | 中 (通過細胞質和內涵體通路激活先天性免疫系統) | 弱 (由于使用與內源miRNA相似的干擾系統) | 弱 (由于使用與內源miRNA相似的干擾系統) | |
| 外源核酸對細胞的毒性 | 中 | 弱 | 弱 | |
| 對細胞內源RNA干擾系統的影響 | 中 (過量siRNA會增加飽和exportin-5運輸內源miRNA能力的風險性) | 中(瞬時轉染引入的高劑量shRNA會增加飽和內源miRNA降解能力的風險性)，低(穩定轉染) | 中(瞬時轉染引入的高劑量shRNA會增加飽和內源miRNA降解能力的風險性)，低(穩定轉染) | |
| 表達可調控性 | 可控表達程度 (時間和空間) |
低(可以通過結合特定的小分子或者大分子達到特異進入某類組織細胞的目的，但無法做到可誘導沉默) | 高 (更換啟動子) | 高 (更換啟動子) |
| 安全性 | 體外和動物體內 | 高 | 高 | 高 |
| 臨床 | 中 | 中 | 中 |
表六：不同轉染方法介導的穩定整合參數比較
| 穩定整合參數 | 化學轉染法 | 物理轉染法 | 病毒載體法 | 轉座子 | |||||
| 磷酸鈣轉染 | 電轉 | 逆轉錄病毒 (MLV) |
慢病毒 | 腺相關病毒(Rep-) | 腺病毒 | 睡美人 轉座子 | |||
| 整合幾率(integration event/PFU/cell) | 10-8 | 10-6 | 10-2-10-1 | 10-2-10-1 | 10-3 | 10-6-10-4 | 10-2 | ||
| 整合位點 |
重復序 列片段 |
非核基質 -嚕噗區 |
核基質區 |
CpG島; 核糖體重復序列 |
由于整合率極低，所以很少 研究 |
TA位點 (染色體附近結構決定) | |||
| 轉錄起始區 |
活躍表達 基因內 |
轉錄活躍區 表達調控區 | |||||||
| 整合位點 轉錄活躍度 |
低 | 低 | 高 | 高 | 中 | 高 | |||
| 穩定性 | 弱 | 中 | 強 | 強 | |||||
| 拷貝數 |
多拷貝串聯分布5-數百個拷貝 | 30%單拷貝 |
通過控制病毒載體用量 可以達到單拷貝 |
通過優化實驗條件可以達到單拷貝 | |||||
| 獲得單拷貝細胞株的難易程度 | 難 | 中 | 易 | 易 | 易 | 易 | |||
| 表達強度/拷貝 | 低 | 低 | 高 | 高 | 高 | 高 | |||
| 插入失活宿主 內源基因 |
低 | 低 | 低 | 高 | 仍處于研究中 |
高 | |||
| 插入激活宿主 內源基因 |
低 | 低 | 高 | 低 | 低 | ||||
表七：不同病毒載體介導的基因傳導的特性比較
| 腺病毒 載體 |
腺相關 病毒載體 |
逆轉錄 病毒載體 |
慢病毒載體 | 狂犬病 病毒載體 |
桿狀病 毒載體 | |
| 表達形式 | 染色體外， 瞬時表達 |
染色體外，長期表達 | 整合 | 整合 | 整合 | 染色體外，瞬時表達 |
| 表達周期 | 2-4周 | 數月至數年 | >1年 | >1年 | >1年 | |
| 感染細 胞類型 |
分裂和 非分裂細胞 |
分裂和 非分裂細胞 |
分裂 |
分裂和 非分裂細胞 |
分裂和 非分裂細胞 |
昆蟲細胞; 哺乳動物分裂細胞 |
| 細胞侵染 廣譜性 |
廣 |
對體內分化組織細胞侵染效果更好 | 廣 |
廣 |
高效感染腦神經細胞 | 中 |
| 可容納外源片段大小 | 36kb | 4kb | 8kb | 5-8kb | ||
| 滴度 (TU/ml) |
1012 | 1012 | 108 | 1010 | 1012 | |
| 病毒制備 難易程度 |
中 | 難 | 中 | 中 | 中 | 中 |
| 常見應用 | 1，體外細胞基因轉導 2，基因治療 |
1，體外細胞基因轉導; 2，動物模型; 3，基因治療 |
1，體外細胞基因轉導; 2，全基因組插入失活突變篩選; 3，功能細胞庫構建 |
1，體外細胞基因轉導; 2，基因治療 |
1，體外細胞基因轉導; 2，基因治療 |
1，真核細胞蛋白表達(表達可溶性蛋白) |
| 安全性 | 高 | 高 | 中 | 高 | 中 | 高 |
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