通過(guò)PCR反應(yīng)程序優(yōu)化對(duì)反應(yīng)時(shí)長(zhǎng)進(jìn)行極致壓縮

“激水之疾，至于漂石者，勢(shì)也”——《孫子兵法》。說(shuō)只要速度足夠快，石頭就能漂在水面。上個(gè)月我們聊了一下降低退火變溫速率（PCR反應(yīng)程序優(yōu)化之緩）對(duì)PCR結(jié)果的優(yōu)化，今天換個(gè)方向，聊聊如何把PCR反應(yīng)時(shí)長(zhǎng)進(jìn)行極致壓縮。

在聊壓縮時(shí)長(zhǎng)之前，需先對(duì)試管（Tube）/模塊(Block)控溫；普通/快速模式幾個(gè)概念進(jìn)行簡(jiǎn)介。下面以柏恒Q9606為圖例進(jìn)行說(shuō)明。

圖1

模塊控溫：反應(yīng)升降溫時(shí)，以模塊的實(shí)時(shí)溫度為準(zhǔn)。
試管控溫：反應(yīng)升降溫時(shí)，以反應(yīng)管內(nèi)試劑的實(shí)時(shí)溫度為準(zhǔn)。

圖2

圖3

實(shí)驗(yàn)編輯完成后，點(diǎn)擊運(yùn)行按鈕會(huì)彈出提示框（如圖2），選擇快速模式還是普通模式。

以圖3程序?yàn)槔�說(shuō)明：
快速模式：儀器運(yùn)行的升降溫速率為8℃/s，標(biāo)示升降溫速率的全額運(yùn)行實(shí)驗(yàn)。
普通模式：儀器運(yùn)行的升降溫速率為4℃/s，標(biāo)示升降溫速率的半額運(yùn)行實(shí)驗(yàn)。

不同的應(yīng)用場(chǎng)景選擇不同的反應(yīng)模式組合，下面來(lái)分享一下如何調(diào)試快速試劑的反應(yīng)程序。

首先，儀器運(yùn)行設(shè)置選擇快速模式+模塊控溫的組合將反應(yīng)時(shí)長(zhǎng)進(jìn)行極致壓縮。其次，在總時(shí)長(zhǎng)不變的前提下合理分配循環(huán)段變性與退火延伸的時(shí)長(zhǎng)。最后，在其次篩選出可用反應(yīng)程序的基礎(chǔ)上進(jìn)行微調(diào)，再一次縮短反應(yīng)段的時(shí)長(zhǎng)或在總時(shí)長(zhǎng)允許的條件下適當(dāng)延長(zhǎng)反應(yīng)段的時(shí)長(zhǎng)以達(dá)到最優(yōu)的反應(yīng)效果。

因?yàn)榭焖僭噭┧�用的擴(kuò)增酶相較于普通試劑的酶來(lái)說(shuō)有著更為快速的延伸速度，所以在設(shè)置退火延伸段反應(yīng)時(shí)長(zhǎng)時(shí)可以進(jìn)行大幅度的壓縮。在壓縮變性反應(yīng)時(shí)長(zhǎng)時(shí)須注意，因?yàn)檫x用的是模塊控溫，如果變性時(shí)長(zhǎng)過(guò)短會(huì)造成試劑的實(shí)際溫度不足95℃或95℃維持時(shí)長(zhǎng)不夠而造成模板的解雙鏈不充分進(jìn)而影響信號(hào)的積累，所以變性反應(yīng)段的時(shí)長(zhǎng)不宜過(guò)度極端。

柏恒Q9600系列可提供最快8℃/sec的升降溫速率，且具備等溫差梯度功能（如圖4），滿(mǎn)足常規(guī)試劑開(kāi)發(fā)、檢測(cè)的同時(shí)也為快速試劑提供了一個(gè)很好的反應(yīng)平臺(tái)。

圖4