DNA甲基化詳解
一、表觀遺傳與甲基化 DNA甲基化是最早被發(fā)現(xiàn)、也是研究最深入的表觀遺傳調(diào)控機(jī)制之一。 DNA甲基化：在DNA甲基轉(zhuǎn)移酶的作用下，基因組CpG二核苷酸的胞嘧啶（C）5'碳位共價(jià)鍵結(jié)合一個(gè)甲基基團(tuán)。
DNA甲基化能引起染色質(zhì)結(jié)構(gòu)、DNA構(gòu)象、DNA穩(wěn)定性及DNA與蛋白質(zhì)相互作用方式的改變，從而控制基因表達(dá)。
二、甲基化研究方法
目前研究中常用的DNA甲基化測(cè)序方法包括全基因組（WGBS）、簡(jiǎn)化基因組（RRBS）、靶向基因組（液相捕獲）、甲基化DNA免疫沉淀（MeDIP-seq）和芯片等，適用于多種不同應(yīng)用場(chǎng)景。
1、甲基化發(fā)現(xiàn)階段
Illumina EPIC 芯片（935K)：全面覆蓋CpG島、啟 動(dòng)子等，還包括 島外的CpG位點(diǎn)，已知的DMR位點(diǎn)
全基因組甲基化測(cè)序（WGBS）：全 基 因 組 覆 蓋 甲 基 化 和 非 甲 基 化
甲基化捕獲測(cè)序(MC-seq)：?jiǎn)?dòng)子、已知的DMRs、CpG 島、shores
簡(jiǎn)化基因組甲基化測(cè)序（RRBS）：CpG島、啟動(dòng)子
甲基化DNA免疫沉淀（MeDIP-seq）
2、甲基化驗(yàn)證階段
焦磷酸測(cè)序：焦磷酸測(cè)序技術(shù)(pyrosequencing)是一種新型的酶聯(lián)級(jí)聯(lián)測(cè)序技術(shù)，可在一次檢測(cè)中快速定量一個(gè)或多個(gè)甲基化位點(diǎn)，其可重復(fù)性和精確性能與SangerDNA測(cè)序法相媲美，是目前最理想的驗(yàn)證方法。同時(shí)，焦磷酸測(cè)序技術(shù)產(chǎn)品具備對(duì)大量樣品進(jìn)行測(cè)序分析的能力，為大通量、低成本、適時(shí)、快速、直觀地進(jìn)行甲基化分析和臨床檢驗(yàn)提供了平臺(tái)。
多重目的區(qū)域甲基化富集測(cè)序：多重目的區(qū)域甲基化富集測(cè)序，是在全基因組甲基化水平的觀察與研究后，對(duì)于眾多目的基因的 甲基化水平的重要研究手段，更有針對(duì)性和大樣本可行性。使用亞硫酸氫鹽處理DNA后，結(jié)合目的區(qū)域富集和二代測(cè)序技術(shù)，利用多重目的區(qū)域甲基化富集測(cè)序技術(shù)實(shí)現(xiàn)個(gè)性化目的區(qū)域甲基化測(cè)序，同時(shí)大大降低了研究費(fèi)用。
DNA甲基化能引起染色質(zhì)結(jié)構(gòu)、DNA構(gòu)象、DNA穩(wěn)定性及DNA與蛋白質(zhì)相互作用方式的改變，從而控制基因表達(dá)。
二、甲基化研究方法
目前研究中常用的DNA甲基化測(cè)序方法包括全基因組（WGBS）、簡(jiǎn)化基因組（RRBS）、靶向基因組（液相捕獲）、甲基化DNA免疫沉淀（MeDIP-seq）和芯片等，適用于多種不同應(yīng)用場(chǎng)景。
1、甲基化發(fā)現(xiàn)階段
Illumina EPIC 芯片（935K)：全面覆蓋CpG島、啟 動(dòng)子等，還包括 島外的CpG位點(diǎn)，已知的DMR位點(diǎn)
全基因組甲基化測(cè)序（WGBS）：全 基 因 組 覆 蓋 甲 基 化 和 非 甲 基 化
甲基化捕獲測(cè)序(MC-seq)：?jiǎn)?dòng)子、已知的DMRs、CpG 島、shores
簡(jiǎn)化基因組甲基化測(cè)序（RRBS）：CpG島、啟動(dòng)子
甲基化DNA免疫沉淀（MeDIP-seq）
2、甲基化驗(yàn)證階段
焦磷酸測(cè)序：焦磷酸測(cè)序技術(shù)(pyrosequencing)是一種新型的酶聯(lián)級(jí)聯(lián)測(cè)序技術(shù)，可在一次檢測(cè)中快速定量一個(gè)或多個(gè)甲基化位點(diǎn)，其可重復(fù)性和精確性能與SangerDNA測(cè)序法相媲美，是目前最理想的驗(yàn)證方法。同時(shí)，焦磷酸測(cè)序技術(shù)產(chǎn)品具備對(duì)大量樣品進(jìn)行測(cè)序分析的能力，為大通量、低成本、適時(shí)、快速、直觀地進(jìn)行甲基化分析和臨床檢驗(yàn)提供了平臺(tái)。
多重目的區(qū)域甲基化富集測(cè)序：多重目的區(qū)域甲基化富集測(cè)序，是在全基因組甲基化水平的觀察與研究后，對(duì)于眾多目的基因的 甲基化水平的重要研究手段，更有針對(duì)性和大樣本可行性。使用亞硫酸氫鹽處理DNA后，結(jié)合目的區(qū)域富集和二代測(cè)序技術(shù)，利用多重目的區(qū)域甲基化富集測(cè)序技術(shù)實(shí)現(xiàn)個(gè)性化目的區(qū)域甲基化測(cè)序，同時(shí)大大降低了研究費(fèi)用。
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