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微生物多樣性測序技術是將環境樣本中全部微生物的DNA，進行PCR擴增，混樣建庫，并高通量測序。
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產品簡介
微生物多樣性測序技術是將環境樣本中全部微生物的DNA獲取后，根據自己的需求對細菌、真菌、功能基因等特異性的區域（16S rDNA/ITS/18S/nifH等）進行PCR擴增，混樣建庫，并基于高通量測序平臺，研究環境樣本中可分離培養和不可分離培養的微生物的種類和豐度差異。可分為細菌多樣性、真菌多樣性和功能基因多樣性。在土壤、水體、空氣、污泥、糞便、腸道、工業發酵液、生物膜、拭子、口腔、皮膚、昆蟲、動植物內生菌等相關領域被廣泛應用。
產品優勢
一次性獲得可培養和不可培養物種多樣性信息
20余種樣本類型提取建庫測序分析項目經驗
技術路線
結果展示
物種分布柱狀圖
根據物種注釋結果，在門（Phylum）、綱（Class）、目（Order）、科（Family）、屬（Genus）不同的分類學水平上展示不同樣本中的優勢菌群及豐度排名前十的物種，可以直觀的反饋出樣本間物種和豐度的差異。
物種聚類熱圖
熱圖聚類結果中，顏色代表物種豐度。縱向聚類表示不同物種在各樣品間豐度的相似情況，橫向聚類表示不同樣品的各物種豐度的相似情況，直觀反饋同一物種在不同樣本中的豐度差異。
Alpha 多樣性指數
Alpha多樣性（Alpha diversity）反映的是單個樣品物種豐度及物種多樣性，有多種衡量指標：Chao1、Ace、Shannon、Simpson、PD等。Chao1和Ace指數衡量物種豐度即物種數量的多少。Shannon和Simpson指數用于衡量物種多樣性，受樣品群落中物種豐度和物種均勻度的影響。
β 多樣性分析
使用QIIME軟件進行 Beta 多樣性(Beta diversity)分析，比較不同樣品在物種多樣性方面存在的相似程度。Beta多樣性分析主要采用 binary jaccard、 bray curtis、 weighted unifrac(限細菌)、 unweighted unifrac (限細菌)等4種算法計算樣品間的距離從而獲得樣本間的β值。
組間顯著性差異分析
LEfSe(Line Discriminant Analysis (LDA) Effect Size) 分析：尋找不同組中，每組中顯著性差別與其他組的物種，可視為該組樣品中的biomarker物種。下圖為LDA值分布柱狀圖和LEfSe分析進化分枝圖。
RDA/CCA分析
檢測環境因子、樣品、菌群三者之間的關系或者兩兩之間的關系，常用的分析方法有CCA和RDA兩種。RDA是基于線性模型，CCA是基于單峰模型。右圖是RDA分析，箭頭代表不同的環境因子，箭頭連線之間的夾角的代表其相關性。
常見問題
Q1、微生物多樣性的研究目的
A：主要關注環境樣本中物種的組成和豐度，不同樣本中物種種類差異和物種豐度差異。
Q2、什么是16S rDNA？
A：16S rDNA編碼原核核糖體小亞基 rRNA的DNA序列。在結構上分為10個保守區和9個可變區。保守區反映生物物種間的親緣關系，可變區反映物種間的差異。
Q3、什么是ITS？
A：ITS是編碼真核生物核糖體小亞基rRNA的DNA內轉錄間隔區序列。由于ITS區在核糖體RNA加工過程中被剪切掉，不發揮功能作用，在進化過程中選擇壓力較小，進化速率約為18S rDNA的10倍，屬于中度保守的區域，利用它可研究種及種以下的分類階元。
微生物多樣性測序技術是將環境樣本中全部微生物的DNA獲取后，根據自己的需求對細菌、真菌、功能基因等特異性的區域（16S rDNA/ITS/18S/nifH等）進行PCR擴增，混樣建庫，并基于高通量測序平臺，研究環境樣本中可分離培養和不可分離培養的微生物的種類和豐度差異。可分為細菌多樣性、真菌多樣性和功能基因多樣性。在土壤、水體、空氣、污泥、糞便、腸道、工業發酵液、生物膜、拭子、口腔、皮膚、昆蟲、動植物內生菌等相關領域被廣泛應用。
產品優勢
一次性獲得可培養和不可培養物種多樣性信息
20余種樣本類型提取建庫測序分析項目經驗
技術路線
結果展示
物種分布柱狀圖
根據物種注釋結果，在門（Phylum）、綱（Class）、目（Order）、科（Family）、屬（Genus）不同的分類學水平上展示不同樣本中的優勢菌群及豐度排名前十的物種，可以直觀的反饋出樣本間物種和豐度的差異。
物種聚類熱圖
熱圖聚類結果中，顏色代表物種豐度。縱向聚類表示不同物種在各樣品間豐度的相似情況，橫向聚類表示不同樣品的各物種豐度的相似情況，直觀反饋同一物種在不同樣本中的豐度差異。
Alpha 多樣性指數
Alpha多樣性（Alpha diversity）反映的是單個樣品物種豐度及物種多樣性，有多種衡量指標：Chao1、Ace、Shannon、Simpson、PD等。Chao1和Ace指數衡量物種豐度即物種數量的多少。Shannon和Simpson指數用于衡量物種多樣性，受樣品群落中物種豐度和物種均勻度的影響。
β 多樣性分析
使用QIIME軟件進行 Beta 多樣性(Beta diversity)分析，比較不同樣品在物種多樣性方面存在的相似程度。Beta多樣性分析主要采用 binary jaccard、 bray curtis、 weighted unifrac(限細菌)、 unweighted unifrac (限細菌)等4種算法計算樣品間的距離從而獲得樣本間的β值。
組間顯著性差異分析
LEfSe(Line Discriminant Analysis (LDA) Effect Size) 分析：尋找不同組中，每組中顯著性差別與其他組的物種，可視為該組樣品中的biomarker物種。下圖為LDA值分布柱狀圖和LEfSe分析進化分枝圖。
RDA/CCA分析
檢測環境因子、樣品、菌群三者之間的關系或者兩兩之間的關系，常用的分析方法有CCA和RDA兩種。RDA是基于線性模型，CCA是基于單峰模型。右圖是RDA分析，箭頭代表不同的環境因子，箭頭連線之間的夾角的代表其相關性。
常見問題
Q1、微生物多樣性的研究目的
A：主要關注環境樣本中物種的組成和豐度，不同樣本中物種種類差異和物種豐度差異。
Q2、什么是16S rDNA？
A：16S rDNA編碼原核核糖體小亞基 rRNA的DNA序列。在結構上分為10個保守區和9個可變區。保守區反映生物物種間的親緣關系，可變區反映物種間的差異。
Q3、什么是ITS？
A：ITS是編碼真核生物核糖體小亞基rRNA的DNA內轉錄間隔區序列。由于ITS區在核糖體RNA加工過程中被剪切掉，不發揮功能作用，在進化過程中選擇壓力較小，進化速率約為18S rDNA的10倍，屬于中度保守的區域，利用它可研究種及種以下的分類階元。
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