RNA pulldown

技術(shù)簡(jiǎn)介

用體外轉(zhuǎn)錄法標(biāo)記生物素RNA探針，然后與胞漿蛋白提取液孵育，形成RNA-蛋白質(zhì)復(fù)合物。該復(fù)合物可與鏈霉親和素標(biāo)記的磁珠結(jié)合，從而與孵育液中的其他成分分離。復(fù)合物洗脫后，通過(guò)Western Blot檢測(cè)特定的RNA結(jié)合蛋白是否與RNA相互作用，質(zhì)譜實(shí)驗(yàn)檢測(cè)特定的RNA結(jié)合蛋白鑒定蛋白質(zhì)類型。

圖注：云序RNA pull-down實(shí)驗(yàn)流程

云序優(yōu)勢(shì)：

低豐度富集：

富集檢測(cè)低豐度目的蛋白-RNA復(fù)合物

具有成熟蛋白質(zhì)組學(xué)平臺(tái)：

提供RNApull-down 產(chǎn)物WesternBlot及質(zhì)譜鑒定。

專業(yè)的生信信息分析：

提供SCI發(fā)表級(jí)別的圖表。

樣本要求：

樣品類型

細(xì)胞、組織或IP后的RNA，其它樣品信息請(qǐng)?jiān)斣?/p>

樣品量

a）細(xì)胞：5×10⁸

b）組織：500mg

c）IP后的RNA >1μg

樣品運(yùn)輸與保存

樣品運(yùn)輸：樣品置于1.5mL Eppendorf管中，封口膜封好，干冰運(yùn)輸。

樣品保存：細(xì)胞樣品或新鮮組織塊可用TRIZOL或RNA保護(hù)劑處理，液氮凍存后-80℃保存；RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中，-80℃保存，避免反復(fù)凍融。

案例解析：

案例 1  RNA pull-down檢測(cè)lncRNA與蛋白質(zhì)相互作用 

近年來(lái)，大量的研究表明長(zhǎng)鏈非編碼RNA（LncRNA）與多種癌癥的發(fā)生息息相關(guān)，這篇文章中作者研究了在非小細(xì)胞肺癌（NSCLCs）中起重要調(diào)控作用的lncRNA-linc00630。作者通過(guò)RNA pull-down等實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)，linc00630主要通過(guò)結(jié)合組蛋白去乙酰化酶I（HDAC1）以及DEAD-box解旋酶23（DDX23）來(lái)發(fā)揮其功能機(jī)制。

圖注：長(zhǎng)鏈非編碼RNA-Linc00630表達(dá)驗(yàn)證及功能表征

案例2  RNA pull-down檢測(cè)circRNA與蛋白質(zhì)相互作用

環(huán)狀RNA是近年來(lái)受到廣泛關(guān)注一類非編碼RNA，目前主要認(rèn)為環(huán)狀RNA通過(guò)miRNA海綿機(jī)制調(diào)控基因表達(dá)，但是對(duì)于其更全面的分子功能知之甚少。這篇文章中作者發(fā)現(xiàn)在不同癌細(xì)胞中circ-Foxo3持續(xù)少量表達(dá)，而在癌細(xì)胞凋亡的過(guò)程中，circ-Foxo3表達(dá)量顯著性增加。circ-Foxo3可以促進(jìn)MDM2介導(dǎo)p53進(jìn)入泛素化途徑降解，使p53含量下降，同時(shí)circ-Foxo3又可以通過(guò)阻止MDM2介導(dǎo)Foxo3泛素化而提高Foxo3的表達(dá)量。

圖注：circ-Foxo3癌細(xì)胞中表達(dá)情況

上海云序生物科技有限公司 

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上海云序生物科技有限公司于2015年成立，坐落于上海漕河涇新興技術(shù)開發(fā)區(qū)，專注于表觀修飾以及轉(zhuǎn)錄組領(lǐng)域，依托于高通量測(cè)序、定量PCR、質(zhì)譜技術(shù)和生物信息學(xué)等核心技術(shù)，集科研服務(wù)、醫(yī)學(xué)檢測(cè)、產(chǎn)品研發(fā)于一體的創(chuàng)新技術(shù)企業(yè)。
云序生物聚焦科研前沿領(lǐng)域，是國(guó)內(nèi)率先開展RNA修飾，轉(zhuǎn)錄組及eccDNA研究的創(chuàng)新性企業(yè)，提供各類RNA修飾，各類RNA分子（mRNA及非編碼RNA），各類測(cè)序技術(shù)（IP類，單堿基類）及eccDNA系統(tǒng)性解決方案。云序作為國(guó)內(nèi)表觀修飾&轉(zhuǎn)錄組領(lǐng)域的領(lǐng)軍者，擁有一支具有國(guó)際水準(zhǔn)的生物信息分析團(tuán)隊(duì)，不僅可以提供標(biāo)準(zhǔn)化的生物信息分析，還提供個(gè)性化的深度數(shù)據(jù)挖掘，與眾多學(xué)術(shù)機(jī)構(gòu)建立了合作關(guān)系，合作單位包括超過(guò)300家科研院所和高校、200余家醫(yī)院等，目前已成功完成人、動(dòng)植物、原核生物等在內(nèi)的數(shù)百個(gè)物種；組織、細(xì)胞、血清、血漿、胎盤、視網(wǎng)膜，房水等不同種類型，累計(jì)上萬(wàn)個(gè)樣本的實(shí)驗(yàn)及數(shù)據(jù)分析服務(wù)，參與的研究成果在各大國(guó)際頂級(jí)期刊發(fā)表數(shù)百篇，影響因子累積10000+。