DSP空間多組學技術的常見問題及項目經驗總結
上期我們分享了“空間組學樣本制備指南 | 打造完美切片：DSP技術樣本處理全攻略”
本期我們將大家常見的問題以及項目經驗為大家整理成了FAQ，趁熱打鐵與您分享！
1、DSP（Digital Spatial Profiling）是一個空間多組學技術，這些組學可以同時檢測嗎？具體包含哪些組學呢？
答：可以在一張切片同時檢測轉錄組和蛋白組。包含哪些具體組學產品見下圖1。
2、ROI和AOI有什么區別呢？
答：在 Digital Spatial Profiling (DSP) 技術中，ROI（Region of Interest）是指在組織切片上由研究者根據形態學特征或標記物選擇的感興趣區域，是進行空間分子分析的總體框架。
AOI（Area of Illumination/Analysis）則是 ROI 內部進一步定義的分析單元，代表實際進行熒光照射、寡核苷酸釋放及分子信息采集的空間范圍。
換言之，ROI 是“宏觀選區”，決定研究的整體區域；AOI 是“微觀劃分”，決定數據獲取的精細尺度。二者的合理結合可實現從組織結構層面到分子分辨層面的空間多組學解析。（具體可全選圈選模式見下圖2）
3、DSP成像marker可以自由選擇嗎？
答：不完全自由，主要受熒光通道的限制。DSP主要包含以下四種熒光通道：
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通道名稱 |
典型代表熒光染料或用途 |
激發波長（峰值 ± 帶寬） |
發射波長（峰值 ± 帶寬） |
說明 |
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FITC / 525 nm |
Alexa Fluor 488, SYTO 13（DNA 染色） |
480 ± 28 nm |
516 ± 23 nm |
常用于 DNA 染色（如 SYTO 13），無需用 DAPI，否則會損壞條碼 |
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Cy3 / 568 nm |
AF532, Cy3, PE, TRITC |
538 ± 19 nm |
564 ± 15 nm |
可用于細胞標記與結構識別 |
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Texas Red / 615 nm |
AF594, Texas Red, DyLight594 |
588 ± 19 nm |
623 ± 30 nm |
用于中紅光區染色標記 |
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Cy5 / 666 nm |
AF647, Cy5, DyLight650 |
645 ± 19 nm |
683 ± 30 nm |
信噪比高，適合低豐度靶點檢測 |
4、DSP實際圈選的界面怎么操作？
答：（1）ROI/AOI圈選主界面。
（2）ROI圈選模式-多種可選
（3）ROI菜單（根據形狀）
ROI菜單內容：①ROI名稱、坐標及尺寸；②圈選面積&包含核數；③備注等其他信息（可選）；④AOI信息（可選）；⑤不超過660×770μm
（4）AOI菜單（根據顏色）
AOI定義：通道之間的邏輯運算；
通道閾值是所有ROI通用
（5）渲染設置內容：
①Min&Max：明暗度和對比度；
②不同樣本或ROI可靈活調整
“空間維度+多組學”-高分中標公式!
本期分享挑選了top問題進行解答，若您對DSP有其他疑問，請隨時聯系小備~
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