C.elegans基因文庫的分類和選擇

自 1995 年成立以來，Dharmacon 在生物信息學(xué)，RNA 生物學(xué)和合成化學(xué)方面的專長 , 使我們能夠開發(fā)出一整套研究基因功能的產(chǎn)品。

Dharmacon 公司是 RNA 干擾新發(fā)現(xiàn)領(lǐng)域的早期參與者，并且在若干重要的科學(xué)發(fā)現(xiàn)中，以及確保沉默效率的 siRNA 試劑的商業(yè)化過程中做出了重大貢獻(xiàn)。Dharmacon 公司保持技術(shù)進(jìn)步，利用生物信息學(xué)和化學(xué)修飾提高產(chǎn)品性能。當(dāng)今，我們研究的領(lǐng)域和研究工具已經(jīng)擴(kuò)展到支持 RNA 干擾應(yīng)用的方方面面；如，siRNA，慢病毒shRNA，microRNA 研究工具，以及對基因，microRNA 和 lncodeRNA 進(jìn)行功能性篩選的全基因組文庫。同樣，在過表達(dá)研究應(yīng)用中，Dharmacon 公司收集了齊全的商業(yè)化 cDNA 和 ORF 文庫。

秀麗隱桿線蟲（Caenorhobditis elegans）是一種重要的生物學(xué)研究模式生物，在細(xì)胞凋亡和RNA干擾（RNAi）方面取得了重大進(jìn)展。
 

文庫種類

     Dharmacon線蟲資源包括多個線蟲基因組文庫，包括ORF文庫、RNAi文庫、轉(zhuǎn)錄因子文庫和啟動子文庫等。

線蟲（Caenorhobditis elegans）基因cDNA&ORF文庫     

（1）        線蟲ORFs庫（C.elegans ORF Collection）

        秀麗隱桿線蟲ORF文庫是功能性秀麗線蟲蛋白質(zhì)組基因文庫，它由一組預(yù)測的蛋白質(zhì)編碼開放閱讀框（ORFs）組成，這些開放閱讀框已克隆Gateway-供體載體中。該線蟲ORF文庫可用于表達(dá)約11000種線蟲蛋白。通過高通量策略和大規(guī)模相互作用圖譜進(jìn)一步研究線蟲蛋白表達(dá)，可深入了解線蟲的蛋白質(zhì)功能。

（2）        線蟲RNAi文庫（C. elegans RNAi Collection）       

        源于秀麗線蟲ORFeome文庫v1.1，秀麗線蟲RNAi文庫提供了11000多個RNAi克隆。這些克隆被整合到pL4440-dest-RNAi目的載體中，以大腸桿菌飼養(yǎng)菌株 HT115(DE3)甘油菌形式保存。在RNAi 浸潤或注射，可以作為體外合成dsRNA的模板。

（3）        線蟲啟動子文庫（C. elegans Promoter Collection）

        該文庫包含6000多個秀麗隱桿線蟲基因的預(yù)測啟動子，這些基因已被克隆到Gateway重組載體中，從而構(gòu)建啟動子融合結(jié)構(gòu)。這種線蟲“啟動子組”的潛在應(yīng)用包括構(gòu)建啟動子-GFP融合體，用于獲得蛋白質(zhì)表達(dá)圖譜和亞細(xì)胞定位，以及芯片和酵母單雜交分析。通過啟動子與線蟲ORF文庫結(jié)合，還可用于組織特異性RNAi、亞細(xì)胞蛋白定位和異位（ectopic）表達(dá)研究。

（4）        線蟲轉(zhuǎn)錄因子（C. elegans Transcription Factors）

        此文庫包含755個線蟲轉(zhuǎn)錄因子ORFs，約占全部預(yù)測的線蟲轉(zhuǎn)錄因子的80%，并已克隆到Gateway兼容的Y1H“獵物”載體pDEST-AD中,可用于酵母單雜交（Y1H）和雙雜交（Y2H）檢測.

參考文獻(xiàn)：

1.   J. Reboul et al., C. elegans ORFeome version 1.1 experimental verification of the genome annotation and resource for proteome-scale protein expression. Nature Genetics. 34 (May 2003).

2. J. F. Rual et al., Toward Improving Caenorhabditis elegans Phenome Mapping With an ORFeome-Based RNAi Library. Genome Res. 14(10b),2162–2168 (2004).

3. D. Dupuy et al., A First Version of the Caenorhabditis elegans Promoterome. Genome Res. 14, 2169-2175 (2004)

4.   Deplancke B et al., A gene-centered C. elegans protein-DNA interaction network.Cell. 125(6), 1193–1205 (2006).

5.   V. Vermeirssen et al., A C. elegans transcription factor array and Steiner Triple System-based smart pools: high-performance tools for transcription regulatory network mapping. Nature Methods. 4, 659–664 (2007).

特別申明

   Dharmacon提供一些由學(xué)術(shù)實(shí)驗(yàn)室開發(fā)的克隆資源，其中許多資源滿足了其他商業(yè)實(shí)體沒有提供的特別研究領(lǐng)域的需要。為了提供這些作為公共資源，我們依靠提供資源的學(xué)術(shù)實(shí)驗(yàn)室進(jìn)行質(zhì)量控制。

   因此，這些文件按捐助機(jī)構(gòu)“原樣”提供的格式分發(fā)，沒有額外的產(chǎn)品驗(yàn)證或保證。我們不對任何錯誤或性能問題負(fù)責(zé)。其他信息可以在產(chǎn)品手冊和相關(guān)的已發(fā)表文章（如果有的話）中找到。或者，可以直接聯(lián)系資源提供學(xué)術(shù)機(jī)構(gòu)進(jìn)行技術(shù)答疑。

   如下鏈接可以查詢到所有線蟲相關(guān)產(chǎn)品的信息

https://horizondiscovery.com/products/gene-modulation/overexpression-reagents/orfs/c-elegans

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