firefly液體處理平臺(tái)應(yīng)用于提速高通量NGS建庫(kù)工作效率

簡(jiǎn)介
為了滿足用戶對(duì)更快、更精簡(jiǎn)的 DNA 文庫(kù)制備實(shí)驗(yàn)流程的需求，同時(shí)需要針對(duì)各種樣本類(lèi)型都能制備出高質(zhì)量文庫(kù)，New England Biolabs開(kāi)發(fā)了NEBNext UltraExpress™DNA文庫(kù)制備試劑盒，該試劑盒對(duì)不同起始量的DNA 樣本都共用一個(gè)相同簡(jiǎn)單的流程，無(wú)論是機(jī)械打斷或是酶切打斷的DNA均適用。與以前的試劑盒相比，該試劑盒工作流程使用預(yù)混試劑，減少了反應(yīng)時(shí)間和純化步驟，得益于改進(jìn)的化學(xué)組分，針對(duì)不同的起始量的DNA，2小時(shí)內(nèi)即可制備出高產(chǎn)量、高質(zhì)量文庫(kù)。配合自動(dòng)化的移液工作站，這個(gè)新的試劑盒能夠?yàn)镹GS建庫(kù)提供一套非常通用、高通量、高質(zhì)量的 DNA樣本制備流程。

哈佛醫(yī)學(xué)院的生物聚合物基因組學(xué)核心設(shè)施（BPF）研究人員使用SPT Labtech的firefly®液體處理平臺(tái)，成功自動(dòng)化實(shí)現(xiàn)多功能NEBNext UltraExpress DNA文庫(kù)準(zhǔn)備試劑盒從不同投入量的DNA制備出高質(zhì)量的NGS文庫(kù)。通用的、簡(jiǎn)化的NEBNext UltraExpress工作流程與用戶友好的firefly一起創(chuàng)建了用于生成用于Illumina DNA測(cè)序的NGS庫(kù)方法之一。
 

自動(dòng)化基因組學(xué)液體處理之firefly
firefly是專(zhuān)門(mén)為簡(jiǎn)化NGS文庫(kù)制備而設(shè)計(jì)的，它集成了多種液體處理能力。

方法
NEBNext UltraExpress文庫(kù)準(zhǔn)備試劑盒
在96孔PCR板（Biorad Hard-Shell®plate）上，使用firefly完成所有的分液、吸液和混勻步驟，以執(zhí)行基于磁珠的DNA純化。

• DNA純化珠（Ampure XP, Beckman Coulter）、乙醇和洗脫緩沖液（0.1×TE）以及酶混合物使用非接觸式分液頭進(jìn)行分液。

• DNA樣品和Index引物轉(zhuǎn)移、所有混勻步驟和所有上清轉(zhuǎn)移至waste均使用移液頭進(jìn)行。

• 96孔板磁鐵（MagnumFLX, Alpaqua）用于所有磁珠分離步驟。

NEBNext UltraExpress DNA Library

Prep with FS:

• 所有12列11.8ng illumina PhiX DNA，不需要打斷因?yàn)樵噭┖邪�含酶切打斷�?/span>

NEBNext UltraExpress DNA Library

已經(jīng)打斷DNA:

• 74.7 ng/µL（來(lái)自Qubit的濃度）人gDNA (promega)，使用Covaris M220打斷至200bp。在TapeStation D5000上運(yùn)行打斷文庫(kù)以確認(rèn)達(dá)到所需的大小。1:20稀釋?zhuān)�然后Qubit QC得到濃度6.96 ng/µL。最終每孔輸入104.4 ng打斷的人gDNA。包括2個(gè)孔的NTC（DNase/ rase -free water）​

​結(jié)果

結(jié)論
在這項(xiàng)工作中，我們展示了NEBNext UltraExpress DNA文庫(kù)準(zhǔn)備工作流程，成功地在firefly自動(dòng)化上使用和不使用酶切片段化系統(tǒng)，并在96孔板中證明樣本片段大小分布的均一性。結(jié)合易用的firefly和NEBNext UltraExpress DNA文庫(kù)準(zhǔn)備試劑盒操作簡(jiǎn)單，使DNA測(cè)序文庫(kù)的構(gòu)建比以往任何時(shí)候都更容易。快速的NEBNext UltraExpress DNA文庫(kù)準(zhǔn)備工作流程，允許DNA在短短幾個(gè)小時(shí)內(nèi)從初始樣本到可讀文庫(kù)的快速和有效的自動(dòng)化；與更多勞動(dòng)密集型試劑盒相比，通過(guò)手動(dòng)或自動(dòng)執(zhí)行需要更長(zhǎng)的時(shí)間，從而節(jié)省寶貴的時(shí)間和資源。firefly是同類(lèi)產(chǎn)品中最緊湊的液體處理器之一，能夠以最小的工作臺(tái)空間要求實(shí)現(xiàn)簡(jiǎn)單NGS文庫(kù)制備的自動(dòng)化。這與它的易用性相結(jié)合，使面臨規(guī)模和人員限制的實(shí)驗(yàn)室能夠滿足其N(xiāo)GS庫(kù)制備的需求。