美國紐勤（Neogen）農業基因組學解決方案
紐勤農業基因組學:
增強全球食品安全紐勤的子公司GeneSeek 是全球領先的農業基因組學實驗室，自1998 年起便開始提供全面的獸醫和農業基因組學診斷解決方案。在農產品生產商需要就畜群作出決定時，GeneSeek 可為其提供必要的信息，進而為農場內的食品安全問題提供基因組學解決方案。GeneSeek 在美國、巴西和歐洲都擁有農業基因組學專家，能將專業知識在全球傳播，以特定語言為全球牛肉和牛乳供應的關鍵地區提供特定于某個市場的協助。在全球人口快速增長的形勢下，專家預測到2020年，世界所需的食物將至少增加百分之三十。 屆時，農民們將會被迫使用同等的資源來生產更多的食物，并將對環境的影響降至最小。因此，農業基因組學將在增強食品安全方面扮演不可或缺的角色。
GeneSeek由紐勤支持，為食品和動物安全提供基因組學解決方案和增加農業產量所必需的重要基因組學信息.結合紐勤在2012 年獲得的Igenity 生物信息學系統，GeneSeek 便擁有了一套工具可以幫助牛肉和牛乳生產商辨別積極或消極的性狀，同時使用這些信息來做出正確的繁殖決定，從增加想要的畜體性狀（如大理石花紋）到避免遺傳病（如小腿彎曲）。GeneSeek 是農業領域重要的技術服務商，提供Illumina 的Infinium BeadChip服務。這些芯片由頂級的農業研究人員用成千上萬已在農業范圍內得到證的單核苷酸多態性（SNP）研發而成.它們可提供的平均檢出率高達99%，可重復性高達 99.9%。紐勤和GeneSeek可提供眾多的工具和服務，隨時準備幫助生產商加強全球食品安全。
關于紐勤
成立于 1982年的紐勤公司（納斯達克：NEOG）已經增長為一個全球性企業，在美國和世界各地擁有超過750名員工。紐勤堅定不移地致力于實現和滿足客戶所期望的質量標準。紐勤的動物安全部在農業動物基因組學方面處于領先地位，開發并銷售眾多動物醫療產品，包括藥物、診斷、獸醫器械、傷口護理、消毒劑和滅鼠劑。紐勤的食品安全部開發和銷售一站式解決方案，用于簡單、快速并準確地檢測細菌致病菌、毒枝菌素、食品過敏原、基因改造、藥物和農藥殘留、反芻動物副產品以及食物和動物飼料中的衛生問題。再加上 GeneSeek的基因組學工作，紐勤可為生產商提供必要的產品和服務，以加強農場內外的食品安全。
肉牛的基因組學解決方案
結合 Igenity 生物信息學技術，GeneSeek可為生產商提供必要的信息，以供其在早期作出最佳的繁殖管理決策，既省時又省錢。通過基因信息，生產商便可以更準確地預測關鍵性狀，如大理石花紋和眼肌面積。
GeneSeek工具提供：
• 全基因組選擇
• 確定遺傳優勢
• 識別數量性狀基因座
• 比較遺傳學研究
GeneSeek牛全基因組低密度 SNP芯片（GGP-LD）定制的 GeneSeek 牛全基因組（GGP）低密度微珠芯片基于美國 illumina 公司的 infinium化學技術，包含預測遺傳優勢所必需的 10,000 多個SNP 標記。如此多的SNP 確保了精確度，且包括了許多疾病和生產性狀SNP，包括 Igenity檔案、譜系SNP和關鍵的異常性狀。數據管理紐勤和 GeneSeek使用最先進的工具來進行數據管理和生物信息處理，確保了您可以以最適合您需要的方式來輕松訪問數據。
IgenIty 的優勢
Igenity 能提供最全面的肉牛基因檔案。Igenity可幫助牛肉生產商在選擇、繁殖、管理和銷售牛時得到更充分的信息，從而更自信地作出決策，而且比以前更為及時。Igenity檔案：全面、實用且強大
• 剩余采食量 • 難產率
• 日增重 • 溫順性
• 嫩度 • 肌生成抑制蛋白
• 大理石花紋 • 毛色（純合子黑色）
• 質量等級 • 特殊品種，有角/無角
• 產量等級 • 復雜公畜譜系
• 脂肪厚度 • 牛病毒性腹瀉–持續感染
• 眼肌面積 （BVD-PI）診斷試
• 小母牛受孕率 • 特殊品種遺傳缺陷多重試驗
• 保持力
Igenity有角/無角
眾所周知，商品牛如果有角，則會引起生產力降低，且會損壞畜體。Igenity可對數個品種進行有角/無角分析，包括夏洛來牛、蓋普威牛、海福特牛、利木贊牛、西門塔爾牛和短角牛。
SeekSire譜系檢測
SeekSire 是專為牧場主、畜牧生產者和養殖協會而開發的，因為他們需要以高度精確且成本效率較高的方式來管理其畜群的譜系。SeekSire 可以用來維護牧群登記、促進基因改良并管理畜群生產和質量。此外，一旦在一個畜群中所使用的所有公畜和母畜都通過 DNA得到了識別，便可識別所有后代，進而實現完全的可追溯性。服務包括用于分配公畜的基因分型和生物信息學。牛懷孕早期檢測作為一個受到認證的生物追蹤實驗室，GeneSeek 為牛肉和乳牛生產商提供 BioPRYN®牛懷孕早期檢測診斷檢測服務。BioPRYN 是一個安全精確的懷孕檢測工具，作為農場獸醫服務的一個補充，它為牛群提供了觸診和超聲波之外的診斷方法。BioPRYN測量在牲畜的血液循環中是否存在只在懷孕時產生的蛋白質B（PSPB），只有成長中胎兒的胎盤才會產生這種蛋白質。母牛和小母牛必須在接種后 28天方可接受此試驗，母牛在產犢后73 天方可接受此試驗。
遺傳異常測試
遺傳病不僅會導致生產商的經濟損失，還會對牲畜造成過大的壓力。在接種前的遺傳測試可以給生產商提供必要的信息，以做出最佳的接種決定，從而避免遺傳病，諸如：
• 小腿彎曲（多發性關節硬化癥）
• 神經性腦積水（NH）
• 先天性西昌趾（攣縮性蜘蛛指綜合征）
• 肺發育不良，并全身水腫（PHA）
• 脛側半肢畸形（TH）
• 特發性癲癇（IE）
• 骨硬化病
• 軟骨發育異常
• 皮毛光滑
• 褐色
• 甘露糖苷過多癥
提交表單和訂購表單可在 www.igenity.com上找到
乳制品的基因組學解決方案
乳牛的基因測試為生產商提供必要的信息，以使其了解牲畜的積極和消極性狀，如不育、有角/無角和脊椎畸形綜合征（CVM）。
GeneSeek奶牛基因組分析（低密度）與肉牛的基因組方案一樣，客戶定制的GeneSeek基因組分析方案（GGP）的低密度芯片采用Illumina Infinium化學技術，包括了近10,000 個SNP，含有很多疾病和生產性能特征。GGP正快速成為性能測試的全球標準。
GeneSeek 奶牛基因組分析（高密度）定制的牛 GGP-HD微珠芯片包括 78,000多個 SNP，用于得到增強的基因組選擇能力，而且極度適合于推算到更高密度的標記集以支持研究，可用于最精確地預測優良品種個體.
GGP芯片還包括：
• SNP譜系 • 乳牛（澤西種）生育單倍型1
• β-酪蛋白 A/B • 卡帕-酪蛋白I和II
• β-乳球蛋白 • 銀色稀釋
• 黑/紅色外標記顏色 • Y染色體不育
• 牛白細胞粘附缺陷病（BLAD） • 脊椎畸形綜合征（CVM）*
• 軟骨發育異常 • 有角/無角
• 瓜氨酸血癥 • β-酪蛋白A2*
• 尿苷磷酸合成酶缺陷癥（DUMPS） • 短脊椎綜合癥*
• 褐色 • 毛發稀少-KRT71基因（鼠尾）*
• 乳牛（荷爾斯坦因種）單體型影響生育
（HH1，HH2，HH3）
*這些選配的、需要許可證的試驗需要額外的檢測費
SeekSire血統測試和懷孕檢測
GeneSeek的 SeekSire程序和早期懷孕檢測也可用于乳牛
商品小乳牛檔案
用 GGP芯片技術加速您畜群中的遺傳進展
許多乳制品生產企業從畜群的大批量基因組篩選的投資中得到了極大的回報。乳制品生產商有大量替代小母牛可供選擇。由于性控精液的使用，乳牛繁殖的效率變得越來越高。使用了 Gen-eSeek全基因組分析方案（GGP）定制基因分型微珠芯片，生產商便可就譜系的雌性方作出決定，而之前的大多數遺傳進展都是通過選擇公牛來實現的。GGP 的結果比標準的父母平均值預測方法有顯著提高。測試您的畜群可以就數個不同的性狀得出高度可信的基因組數據，這些性狀包括：
健康性狀 類型性狀
• 純價值 • 最終得分（PTAT） • 乳房裂縫
• 女兒 • 肢/蹄 • 乳房深度
• 受孕率 • 綜合 • 前乳頭分布
• 繁殖期（月份） • 乳房綜合 • 后乳頭分布
• 體細胞評分 • 體高 • 乳頭長度
產量性狀 • 強壯度 • 總性能指數（TPI）
• 牛奶 • 體高
• 脂肪（磅） • 產乳形態
• 脂肪（%） • 尻角度
• 蛋白質（磅） • 髖寬度
• 蛋白質（%） • 后腿側視圖
產犢性狀 • 后腿后視圖
• 女兒妊娠率 • 蹄角度
• 女兒易產性 • 肢蹄得分
• 女兒死胎率 • 前房附著
• 后房高度
豬的基因組學解決方案
GeneSeek 的豬基因組學解決方案為窺探豬的遺傳結構打開了一個重要的窗口，包括是否易感染治療昂貴的疾病以及繁殖中對想要性狀的鎖定。
GeneSeek豬全基因組低密度微珠芯片
該微珠芯片提供約 10,000個 SNP，包括經常使用的 USDA血統和身份 SNP、用于識別品種的 SNP以及和結構穩定性相關的 SNP。其它性狀標記包括：
• 應激綜合癥基因（HAL） • 紅細胞生成素受體—和 子宮容量以及
• 酸肉基因（RN）* 同胎生仔數相關
• 大腸桿菌腹瀉抗性基因（F4 ab/ac）* • 與生長和肉質性狀關聯的 6 個特定
• PRRS抵抗性/耐受性 SNP：采食量/飼料轉化率/增重/瘦肉
• 雌激素受體基因（ESR）*：對大白豬或長白 率/脂肪含量和肉質。
豬的產仔數性狀有較大影響 基因:MC4R、HMGA、CCKAR、CAST、PRKAG
*這些選配的、需要許可證的試驗需要額外的檢測費
豬SNP60微珠芯片
這一微珠芯片包括 64,000多個SNP，遍布豬的整個基因組，可以高效率且高通量檢測。
SeekGain性能標記：GeneSeek的豬生產性狀測試程序
GeneSeek提供經過驗證的豬生產性狀 DNA 標記測試，使用的是來自七個獨特基因的信息，這
些基因的影響范圍如下：
• 攝食量和飼料轉化率 • 同胎生仔數
• 增重 （雌激素受體）
• 精肉增長 • 同胎生仔數
• 脂肪含量 （紅細胞生成素）
• 肉質
額外試驗
GeneSeek還為豬提供眾多基因和疾病診斷法，包括：
• 應激綜合癥基因（PSS）
• 豬繁殖與呼吸綜合征病毒（PRRSV）和豬圓環病毒 2 型（PCV2）
• SeekSire血統測試
• SeekTrace 來源驗證程序
• 大腸桿菌 F4ab/ac 遺傳測試
綿羊的基因組學解決方案
綿羊的基因組學測試可以提醒生產商注意一些問題，而如果不進行測試的話，很可能再過幾年他們才能發現這些問題。也可用它來為畜群的繁殖做出正確的決定。GeneSeek的綿羊基因組學測試解決方案包括：
• 全基因組選擇
• 確定遺傳優勢
• 識別數量性狀基因座（QTL）
• 比較遺傳學研究
可用的Illumina基因分型試驗
• 綿羊SNP50微珠芯片—54,000多個大信息量的 SNP標記
• 山羊 SNP50 微珠芯片—53,000多個 SNP標記
• 還有定制的微珠芯片
綿羊遺傳試驗
• 綿羊進行性肺炎病毒 • 羊蜘蛛腿綜合征
（OPPV）易感性 • 肌生成抑制蛋白
• 癢病易感性 • SNP 譜系
馬和狗的基因組學解決方案
這些遺傳檢測可以確定馬或狗是否具有想要的繁育特性，另外，如果對馬或者狗的血統有所懷疑的時候，經過這樣的檢測證明它們的血統。
• 馬 SNP70微珠芯片—70,000 個大信息量的 SNP標記
• 狗 HD微珠芯片—170,000 多個 SNP 標記
• 血統驗證—公畜確認
針對研發的基因組學解決方案
GeneSeek為研發提供眾多基因組學解決方案，從小鼠到植物基因分型。
小鼠通用基因分型試驗
MEGA小鼠通用基因分型試驗（MUGA）提供 76,000 個根據Illumina Infinium 平臺建立的SNP標記。
這些SNP 標記分布于整個小鼠基因組。為了讓這些基因分型結果能夠得到最高效的應用，實驗設計讓每一個被測試的SNP都獨立的提供了最大量的標記信息。
Mega MUGA的設計標準優化了雜合子區域的檢測以及純合子區域內單倍型之間的區分。該實驗的等位基因頻率和單倍型是從八個實驗室小鼠品系得出的，這些品系是基因交互協作的基礎。
定制基因分型微珠芯片
有了這些微珠芯片，便可查詢幾乎任何物種的任何SNP。Infinium微珠芯片化學技術的高度重復性和靈活性，是定制研究的理想選擇。
植物基因分型
GeneSeek可為任何規模的定制項目提供基因分型服務：種子質量控制、轉基因分析、全基因組掃描或標記輔助選擇。
GeneSeek持續開發新方法和系統，用于從各類型植物中進行樣本收集、儲存、DNA提取和基因分型。從一個很小的葉片中，GeneSeek就能夠使用專用的分子應用技術來分析感興趣的目標。
定制基因分型解決方案：標記輔助選擇（MAS）和管理（MAM）
GeneSeek 也提供強大而精確的質譜法用于SNP分型。GeneSeek 用靈活的可定制方案來提供常規基因分型服務（從 1 個到1,000 個SNP），幫助一些項目使用遺傳信息來進行選擇和繁育，這之中沒有樣本數目的限制。不管樣本必須每天、每周還是每月進行基因分型，GeneSeek都可以提供靈活的周期和可用于任何應用的數據質量。
GeneSeek MAS項目的關鍵特性包括：
• 以質譜分析法為基礎的檢測系統可提供靈敏、準確且快速的分析。
• 便于使用的多重試驗設計以及優化軟件節省研究時間，并將效率最大化。
