蛋白質(zhì)組學(xué)非標(biāo)定量法（Label-free）分析

產(chǎn)品介紹

    在二維凝膠電泳的實(shí)驗(yàn)中，可以通過(guò)比較染色后的2張2D膠圖像中蛋白點(diǎn)的光密度值進(jìn)行差異定量，或比較同種蛋白經(jīng)同位素標(biāo)記和未經(jīng)標(biāo)記的串聯(lián)質(zhì)譜峰面積進(jìn)行差異定量。但這兩種常用技術(shù)由于在樣品處理上費(fèi)時(shí)費(fèi)力，不利于大規(guī)模的蛋白質(zhì)組定量。

    非標(biāo)定量法（Label-free）是近年來(lái)重要的質(zhì)譜定量方法，通過(guò)比較質(zhì)譜分析次數(shù)或質(zhì)譜峰強(qiáng)度，分析不同來(lái)源樣品蛋白的數(shù)量變化。該技術(shù)無(wú)需昂貴的同位素標(biāo)簽做內(nèi)標(biāo)，提高了低豐度蛋白質(zhì)的檢測(cè)效率和蛋白質(zhì)定量的準(zhǔn)確性，廣受科研工作者的推崇。

    目前，已經(jīng)有一系列配套的非標(biāo)記定量分析軟件，其中包括的GE公司開(kāi)發(fā)的DeCyder MSTM商業(yè)化軟件，領(lǐng)先的蛋白質(zhì)組學(xué)定性定量算法MaxQuant。運(yùn)用這些軟件，對(duì)液相色譜串聯(lián)質(zhì)譜數(shù)據(jù)非標(biāo)記定量分析是將質(zhì)譜數(shù)據(jù)由譜峰形式轉(zhuǎn)化為直觀的類似雙向凝膠圖譜，譜圖上每一個(gè)點(diǎn)代表一個(gè)肽段，而不是蛋白質(zhì)；再比較的不同樣本上相應(yīng)肽段的強(qiáng)度，從而對(duì)肽段對(duì)應(yīng)的蛋白質(zhì)進(jìn)行相對(duì)定量。實(shí)踐證明其具有很好的定量準(zhǔn)確性和可信性，現(xiàn)在已經(jīng)逐漸成為蛋白質(zhì)組學(xué)領(lǐng)域內(nèi)的標(biāo)準(zhǔn)解決方案。

特點(diǎn)：
1.對(duì)于液相色譜串聯(lián)質(zhì)譜的穩(wěn)定性和重復(fù)性要求較高；
2.改成無(wú)需昂貴的穩(wěn)定同位素標(biāo)簽標(biāo)記樣本，實(shí)驗(yàn)成本低；
3.對(duì)樣本的操作較少，并且不受樣品條件的限制；
4.可以檢測(cè)到的肽段動(dòng)態(tài)范圍可以達(dá)到4個(gè)數(shù)量級(jí)以上，提高了低豐度蛋白質(zhì)的檢測(cè)效率、非標(biāo)記定量準(zhǔn)確性。

注意：
1.非標(biāo)定量方法可以大大減少樣本預(yù)處理的時(shí)間及樣品本身產(chǎn)生的干擾，并且可以實(shí)現(xiàn)最大量的定量及定性結(jié)果。
2.非標(biāo)定量方法需要較好的色譜重現(xiàn)性，ESI噴霧連續(xù)性和污染物均會(huì)干擾其定量重現(xiàn)性。
3.非標(biāo)定量方法需要進(jìn)行正確的譜圖校正，否則將影響其定量準(zhǔn)確性和重現(xiàn)性。

原理

非標(biāo)定量法（Label-free）是通過(guò)比較質(zhì)譜分析次數(shù)或質(zhì)譜峰強(qiáng)度，分析不同來(lái)源樣品蛋白的數(shù)量變化，認(rèn)為肽段在質(zhì)譜中被捕獲檢測(cè)的頻率與其在混合物中的豐度成正相關(guān)，因此蛋白質(zhì)被質(zhì)譜檢測(cè)的計(jì)數(shù)反映了蛋白質(zhì)的豐度，通過(guò)適當(dāng)?shù)臄?shù)學(xué)公式可以將質(zhì)譜檢測(cè)計(jì)數(shù)與蛋白質(zhì)的量聯(lián)系起來(lái),從而對(duì)蛋白質(zhì)進(jìn)行定量。按照其原理主要分為兩種，第一種spectrum counts類的非標(biāo)記方法，發(fā)展比較早，已經(jīng)形成多種定量算法，但是主要的原理都是以MS2的鑒定結(jié)果為定量基礎(chǔ)，各種方法的差別在于后期算法在大規(guī)模數(shù)據(jù)上的修正。第二種非標(biāo)記定量的原理是以MS1為基礎(chǔ)，計(jì)算每個(gè)肽段的信號(hào)強(qiáng)度在LC-MS上的積分。

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