使用ROCK MAKER® - 結晶軟件輕松添加多個片段進行共結晶實驗

介紹
ROCK MAKER是一款功能強大的軟件，用于設計各種結晶實驗。該軟件已擴展了其功能，可以使用片段和配體輕松創(chuàng)建共結晶實驗。該功能對于使用小分子片段進行基于結構的藥物發(fā)現(xiàn)的研究人員特別有用。現(xiàn)在只需點擊幾下即可創(chuàng)建這些復雜的實驗。

片段篩選
片段篩選是早期藥物發(fā)現(xiàn)過程中的一種流行方法，可幫助研究人員識別與靶蛋白活性位點結合的相關小分子。

ROCK MAKER為用戶提供片段篩選功能，作為一種有組織且整潔的解決方案來保護實驗記錄。ROCK MAKER中的片段篩選包含可以添加到任何所需實驗的單個片段的集合。用戶現(xiàn)在可以為共結晶實驗添加更多細節(jié)，并跟蹤某個蛋白質(zhì)液滴中存在的某個片段。使用ROCK MAKER 中的片段篩選功能，用戶可以設計基 于共結晶片段的實驗并管理實驗數(shù)據(jù)文檔。

創(chuàng)建片段篩選
在將片段添加到蛋白質(zhì)樣品以進行共結晶之前，用戶需要先創(chuàng)建一個片段篩選。這是ROCK MAKER存儲所有片段數(shù)據(jù)以備將來使用的地方。用戶可以選擇手動將片段數(shù)據(jù)添加到 ROCK MAKER中，也可以從電子表格編輯器（例如 Microsoft Excel 或 Google Sheets）中復制它們。要從現(xiàn)有電子表格復制數(shù)據(jù)，只需從電子表格編輯器復制所需的片段，然后將它們粘貼到 ROCK MAKER中即可。需要注意的是，用戶必須將數(shù)據(jù)從 Condition Number表復制到軟件內(nèi)的Notes表中。請參閱下圖以供參考。還需要注意的是一旦在實驗中使 用片段篩選，它就變得不可編輯，以防止任何可能篡改相關實驗的更改。

片段篩選選項卡填充片段列表

用戶可以通過兩種方式添加片段：

1. 設計共結晶實驗時，在蛋白質(zhì)樣品中加入片段。

2. 在獲得晶體后再加入片段。建議用戶在軟件的“Experiment Notes”部分注明這是一個浸泡實驗。

片段篩選非常靈活，用戶可以在每孔添加片段層時改變投放位置。用戶還可以根據(jù)需要編輯片段的體積或工 作濃度。一旦片段篩選條件被保存，它可以作為片段層應用ROCK MAKER的任何實驗中。

片段層

在ROCK MAKER中，片段層定義了一個片段，該片段將被添加到實驗的液滴中。用戶可以選擇在將蛋白質(zhì)液滴添加到蛋白質(zhì)層之前或之后添加片段層。ROCK MAKER中的分層系統(tǒng)使用戶能夠輕松創(chuàng)建復雜的篩選實驗，因為用戶可以在平板畫布上以圖形方式勾勒出他們的實驗組件應該放在的位置。如右圖所示，片段層由蛋白質(zhì)層頂部的深色陰影以圖形方式表示。

片段層

創(chuàng)建片段層

在ROCK MAKER中設計蛋白質(zhì)結晶實驗時，可以將多個片段添加到所需的實驗中。創(chuàng)建片段層涉及指定目標孔滴和選擇片段篩選條件。只需在孔板畫布上選擇片段篩選應用到的孔，然后選擇所需的片段即可完成此操作。可以添加多個片段層來創(chuàng)建所需的實驗。這是設計復雜片段篩選的一種快速簡便的方法，同時將所有實驗數(shù)據(jù)保存在一個地方。

選擇所需的孔以添加片段層