|
CUT&Tag是針對ChIP-Seq的局限性而創建的研究基因組中組蛋白修飾以及染色質結合蛋白和DNA相互作用的高效新技術
|
|||||||||||||||||
| [發表評論] [本類其他服務] [本類其他服務商] | ||||||||||||||||||
| 服務商： 普瑞麥迪(北京)實驗室技術有限公司 | 查看該公司所有服務 >> |
CUT&Tag是針對ChIP-Seq的局限性而創建的研究基因組中組蛋白修飾以及染色質結合蛋白和DNA相互作用的高效新技術。盡管與ChIP-Seq原理相似，CUT&Tag可以在新鮮細胞原生的狀態下，利用Tn5轉座酶復合體轉座的特性在獲取片段化DNA的同時完成了末端添加建庫測序所需的擴增引物及條形碼序列。它具備了操作簡單快速 （1-2天可完成建庫），無需交聯固定和超聲片段化，起始細胞數少（通常至少降低十倍以上），測序量和成本大大減少（通常降低五到十倍以上），信噪比好，重復性高等優勢。
目前，該技術正在取代ChIP-Seq并越來越廣泛地應用到基因組學和生物醫學研究的各個方面。
應用方向：CUT&Tag技術目前已經廣泛應用于組蛋白修飾/染色質結合蛋白分析、開放染色質分析、單細胞組學、DNA甲基化分析、空間生物學和染色質構象捕獲 (3C)等多種研究方向，并且適用于植物和動物的多種模式物種，在生物學中具有極其重要的研究意義。
技術優勢：l 細胞起始量較低(單細胞-5*10^5)，從百萬級降低到單細胞水平
l 結果重復性較高，且信噪比較高
l 把繁瑣的ChIP流程縮短至1-2天的時間
l 操作流程簡單，無需甲醛交聯、細胞破碎和超聲片段化DNA
l 簡化了文庫構建流程，在轉座子上添加了‘接頭’，只需要簡單的PCR即可獲得高質量NGS文庫
l 與ChIP相比，測序深度減少10倍左右
根據您不同的要求進行試驗設計，具體價格歡迎您致電咨詢：010-51668388。
項目周期：最快1-2周。
服務流程：
數據分析流程：
案例展示：
1.H3K4me1抗體的CUT&Tag數據顯示，與IgG對照組相比，H3K4me1 CUT&Tag檢測到了H3K4me1的信號峰，且信噪比較高。
送樣要求：
1. 樣品準備
所有寄送樣本都需遵守國家相關規定，郵寄前在樣品保存袋上清晰標注日期、樣本類型、名稱、與樣本量，并填寫樣品詳細信息表一起郵寄。
（1）細胞系：
細胞數10^10個左右，使用凍存管分裝細胞數量 10 ^5-10^6個/管，一共準備 2 管，若有生物學重復樣本需再準備樣品
凍存前需檢查細胞活率需>90%，有無支原體污染或其他污染；
（2）血液樣本：
取血后加入到含有 EDTA 的抗凝管中，混勻后 4 ℃暫存。
若進行某種單一類型細胞實驗，盡快進行流式分選，獲取到目標類型細胞，再按細胞系準備樣品。
若使用全血進行實驗，則直接將抗凝管常溫或 4 ℃運輸，48h 內到達實驗室。
（3）組織樣本：
對組織樣本進行清理后，速用預冷的 PBS 溶液或生理鹽水將組織表面的殘留血液與污物沖洗干凈，放入無菌凍存管中，立即液氮速凍。需要兩管樣本，每管組織量>0.2g
（4）植物組織：
A.樣本如需制備原生質體，需要寄送活體植物。
B.樣本制備細胞核開展項目，植物組織只需要液氮速凍，干冰寄送。需要兩管樣本，每管組織量>0.2g
具體操作流程請聯系我們的技術人員。
2. 抗體準備
（1）目前已整理在文獻中驗證的抗體與適配的靶點信息請點擊下方鏈接下載進行參考。
鏈接：
（2）抗體（一抗和二抗）由客戶提供。
（3）抗體需要原液，不要進行稀釋，不要反復凍融，可以分裝（體積不能小于 10ul），但我們建議寄送原管。公司會保存剩余抗體，客戶需要時可返還。
（4）抗體需要嚴格按照抗體的說明書進行保存和運輸。寄送時要注意抗體的保存溫度。客戶需填寫清楚靶蛋白的信息。
（5）如果抗體供貨商已經明確標注可以適用于所研究的物種材料，請提前提供抗體的網站鏈接（包括供 貨商、貨號、宿主來源、抗體濃度、已驗證信息等產品介紹）或說明書。
（6）若抗體的適用物種不包含所研究的物種，客戶需自行提前進行抗體特異性驗證western blot
（WB條帶單一，大小符合預期，無明顯雜帶，提供的WB圖為全圖）。
常見問題：CUT&Tag適用于什么物種？
CUT&Tag適用于哺乳動物細胞的蛋白-DNA互作研究，酵母、植物等細胞需要經過(破除細胞壁或者提取細胞核)來進行實驗。CUT&Tag在哺乳動物細胞系上的應用比較成熟，動物組織經過處理得到懸浮單個細胞同樣可以進行實驗。
CUT&Tag適用于活細胞，對細胞狀態有要求嗎？CUT&Tag在活細胞上確實成功率比較高，在準備細胞時需要保證細胞處于高細胞活性狀態，若細胞活性不佳，胞內蛋白質與核酸相互作用的狀態會發生改變，對于死亡的細胞，目的蛋白有可能從染色質上脫落，進而影響實驗數據。在準備細胞樣本時使用臺盼藍進行細胞活性的檢測，建議細胞活力大于90%以上。
如果樣品為貼壁細胞如何處理？對于貼壁細胞來說，關鍵是不要用胰蛋白酶分離細胞，因為它會破壞細胞與刀豆球蛋白A結合的表位。使用無酶分離法收集細胞，如使用細胞刮刀。
CUT&Tag是否可以用于標簽蛋白？理論上可以。目前已有文獻在沒有特異性抗體靶蛋白上通過連有Flag、GFP等標簽進行CUT&Tag實驗。
使用CUT&Tag建議使用什么對照？試劑和流程的技術性陽性對照推薦使用抗體H3K27me3。如果需要陰性對照我們建議僅使用二抗而不使用一抗，這將顯示二抗和pA-Tn5在你的樣本中的背景。
ChIP-Seq驗證的抗體是否可以用于CUT&Tag ？
CUT&Tag和ChIP Seq有不同的工作流程。如果一個抗體對ChIP-Seq有效，那并不一定意味著它適用于CUT&Tag。我們建議使用已經在文獻中驗證的抗體，或者嘗試ChIP級別或者經過ChIP實驗驗證的抗體。
客戶有動物組織，建議消化成原代細胞送樣還是將組織凍存送樣？建議寄送凍存組織。CUT&Tag對細胞的活性要求較高，原代細胞通常活性偏低，凍存復蘇后的細胞活性很難達到送樣要求，建議將新鮮組織清理凍存，及時送樣。
細胞量很少時，應該怎么送樣呢？
細胞量低至1000個細胞以下時，其送樣與常規細胞量項目有區別，原則在于避免樣本損失，我們建議：將細胞懸在10μL PBS中即可（使用低吸附的PCR管），液氮速凍干冰運輸。
試劑盒產品：我們公司同時提供CUT&Tag assay kit試劑盒，pATn5酶等產品，詳情請點擊下方鏈接了解。
