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目前研究RNA-蛋白質相互作用的方法分為兩大類：一是以感興趣的RNA為中心，尋找與該RNA結合的蛋白質；二是以感興趣的蛋白質為中心，尋找與該蛋白質結合的RNA。
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先將體外轉錄的RNA結合到Beads上，再將RNA-Beads和細胞裂解液孵育，這樣與目標RNA結合的蛋白便會一起吸附在Beads上。洗滌掉不結合的蛋白后，用洗脫液將RNA-protein復合物從Beads洗脫下來，之后可以采用Western Blot技術檢測特定的結合蛋白，還可以采用質譜方法鑒定與目標RNA結合的未知蛋白。
RNA pull down實驗流程-輝駿生物
應用領域
RNA pull down應用背景
RNA結合蛋白（RNA binding protein，RBP）是一類功能強大而廣泛的調節因子，約占細胞編碼的所有蛋白的5%~10%。目前除了少數RNA以核酶形式單獨發揮功能，大部分RNA通過與蛋白結合形成RNA-蛋白復合物來發揮作用。
一方面，RBP參與RNA合成、可變剪接、修飾、轉運、翻譯及胞內定位等多個轉錄后調控過程，調控mRNA穩定性、lncRNA活性、miRNA沉默復合體形成等生物學過程；另一方面，RNA也會調節這些蛋白質的活性、定位或與其他蛋白質相互作用，從而影響RBP介導的各種細胞事件。RNA與蛋白質的相互作用對于維持細胞穩態是非常重要的，干擾這種相互作用將會導致細胞功能失調和相關疾病的發生。
目前研究RNA-蛋白質相互作用的方法分為兩大類：一是以感興趣的RNA為中心，尋找與該RNA結合的蛋白質；二是以感興趣的蛋白質為中心，尋找與該蛋白質結合的RNA。RNA pull down屬于前者，通過體外轉錄的方式將感興趣的RNA帶上標簽，通過該標簽使RNA結合到樹脂支持物上，再加入樣本蛋白質與RNA結合，洗滌、洗脫得到與目標RNA結合的蛋白質。
RNA pull-down 實驗服務案例—輝駿生物客戶文章解析
研究背景
研究者們通過大量臨床樣本的檢測發現，一個長鏈非編碼RNA(LncRNA)“LAMP5-AS1”在混合系白血病(MLL)中高表達，因此進一步探索了LAMP5-AS1在MLL白血病發生發展中的作用。
研究路線
細胞和小鼠實驗確定高表達的LAMP5-AS1促進MLL白血病進展
RNA pull-down結合質譜鑒定技術首次發現了LAMP5-AS1的潛在結合蛋白—DOT1L（一種H3K79甲基轉移酶）
RIP qPCR實驗確定了LAMP5-AS1與DOT1L結合
截短型 RNA pulldown實驗進一步明確了與LAMP5-AS1結合的DOT1L結構域
體外酶活實驗表明LAMP5-AS1與DOT1L的結合促進了DOT1L的甲基轉移酶活性
RNA干擾結合ChIP實驗表明LAMP5-AS1影響MLL融合蛋白核心靶基因的H3K79me2/3水平
臨床分析LAMP5-AS可作為MLL白血病不良預后的預測因子
研究結論
lncRNA LAMP5-AS1在MLL白血病細胞的自我更新過程和分化阻滯中起著重要的作用。LAMP5-AS1對維持DOT1L酶在MLL白血病中的高活性具有重要意義，可能成為治療MLL白血病的一個有價值的靶點。
RNA pulldown技術實驗-輝駿生物客戶文獻
Wang W.T. et al: The lncRNA LAMP5-AS1 drives leukemia cell stemness by directly modulating DOT1L methyltransferase activity in MLL leukemia. Journal of Hematology & Oncology. 2020. (IF=17.388)
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