云序全國首發重磅新服務eccDNA甲基化測序
近年來，eccDNA（染色體外環狀DNA）連登《Nature》《Cell》等期刊，徹底顛覆了人們對基因遺傳的傳統認知，成為了具有潛力的科研新熱點。
近期，NIPT之父盧煜明教授基于轉座酶和m5C位點酶學轉化方法開發出了eccDNA甲基化測序技術，并揭示了孕婦血漿中的胎兒eccDNA甲基化狀況，為eccDNA的深入研究及新型分子標志物的開發提供了新的技術手段。
作為國內提供eccDNA測序服務的公司，云序生物一直是eccDNA領域的領跑者。通過嚴謹的技術開發和質控，云序正式全國首發eccDNA甲基化測序服務！
A.技術優勢
1.一箭雙雕：同時檢測eccDNA及其甲基化狀況，節約樣品，性價比高
2.單堿基分辨的eccDNA甲基化分析
B.eccDNA甲基化測序流程
1.EccDNA富集：通過核酸外切酶 V 消化等手段，去除樣品中的線性DNA，從而達到富集eccDNA的目的。
2.加接頭：通過轉座酶打開eccDNA的環形結構，并在DNA片段的兩端加上接頭。
3.末端修復：通過Klenow酶修復轉座產物的末端缺口。
4.C-U轉化：通過溫和的酶轉化法，將未甲基化的胞嘧啶（C）高效地轉化為尿嘧啶（U）。
5.PCR擴增：對轉化后產物進行PCR擴增及純化。
6.上機測序：純化后文庫質檢合格后進行上機測序。
C.eccDNA甲基化測序質控（云序實例）
實驗項目：血漿eccDNA甲基化測序
1.血漿cfDNA Qubit定量
通過Qubit熒光定量儀檢測摻入樣品DNA的特異熒光染料信號，從而對樣品進行精確定量。
對測序堿基質量(Q30)，Read及C-U轉化率進行統計。
通過軟件識別eccDNA的染色體坐標，長度及表達量
ecc_chr: eccDNA的染色體
ecc_start: eccDNA的起始位點
ecc_end: eccDNA的終止位點
ecc_location: eccDNA的染色體坐標
ecc_length: eccDNA的長度
T1，T2: 不同樣品中某個eccDNA對應的原始split reads數目
Meth_Level_T1,T2: 不同樣品中某個eccDNA的甲基化水平
2.eccDNA的基因注釋
對eccDNA所在位置的蛋白編碼基因的位置，基因名，基因ID等信息進行注釋
chr, start, end: eccDNA所在區域的蛋白編碼基因的基因組位置信息
gene_id: eccDNA所在區域的蛋白編碼基因的gene ID
3.eccDNA長度分布圖
eccDNA的長度分布圖表明：eccDNA在兩個區域富集，一是~200bp的區域，另一個是300-450bp的區域。
4.eccDNA甲基化水平統計
不同功能區域的eccDNA的甲基化水平統計
E.eccDNA甲基化測序樣品要求
cfDNA: > 50 ng
血漿：> 5 mL
細胞：> 2 x 107
組織：> 100 mg
其他樣品類型咨詢021-64878766當地銷售
相關產品
eccDNA測序
eccDNA qPCR驗證
eccDNA sanger測序
全轉錄組測序
ATAC測序
ChIP測序
全基因組測序
近期，NIPT之父盧煜明教授基于轉座酶和m5C位點酶學轉化方法開發出了eccDNA甲基化測序技術，并揭示了孕婦血漿中的胎兒eccDNA甲基化狀況，為eccDNA的深入研究及新型分子標志物的開發提供了新的技術手段。
作為國內提供eccDNA測序服務的公司，云序生物一直是eccDNA領域的領跑者。通過嚴謹的技術開發和質控，云序正式全國首發eccDNA甲基化測序服務！
A.技術優勢
1.一箭雙雕：同時檢測eccDNA及其甲基化狀況，節約樣品，性價比高
2.單堿基分辨的eccDNA甲基化分析
B.eccDNA甲基化測序流程
1.EccDNA富集：通過核酸外切酶 V 消化等手段，去除樣品中的線性DNA，從而達到富集eccDNA的目的。
2.加接頭：通過轉座酶打開eccDNA的環形結構，并在DNA片段的兩端加上接頭。
3.末端修復：通過Klenow酶修復轉座產物的末端缺口。
4.C-U轉化：通過溫和的酶轉化法，將未甲基化的胞嘧啶（C）高效地轉化為尿嘧啶（U）。
5.PCR擴增：對轉化后產物進行PCR擴增及純化。
6.上機測序：純化后文庫質檢合格后進行上機測序。
圖1. 血漿eccDNA甲基化測序流程
C.eccDNA甲基化測序質控（云序實例）
實驗項目：血漿eccDNA甲基化測序
1.血漿cfDNA Qubit定量
通過Qubit熒光定量儀檢測摻入樣品DNA的特異熒光染料信號，從而對樣品進行精確定量。
2.文庫2100質控
通過Agilent生物分析儀對測序文庫進行質控。3.FastQC質控
通過FastQC軟件進行測序數據質控。
4.Read統計及轉化率
對測序堿基質量(Q30)，Read及C-U轉化率進行統計。
D.eccDNA甲基化測序數據展示
1.eccDNA的識別及甲基化水平通過軟件識別eccDNA的染色體坐標，長度及表達量
ecc_chr: eccDNA的染色體
ecc_start: eccDNA的起始位點
ecc_end: eccDNA的終止位點
ecc_location: eccDNA的染色體坐標
ecc_length: eccDNA的長度
T1，T2: 不同樣品中某個eccDNA對應的原始split reads數目
Meth_Level_T1,T2: 不同樣品中某個eccDNA的甲基化水平
2.eccDNA的基因注釋
對eccDNA所在位置的蛋白編碼基因的位置，基因名，基因ID等信息進行注釋
gene_id: eccDNA所在區域的蛋白編碼基因的gene ID
gene_name: eccDNA所在區域的蛋白編碼基因的基因名
strand: eccDNA所在區域的蛋白編碼基因所處的正負鏈信息
overlap: eccDNA與蛋白編碼基因的重疊區域3.eccDNA長度分布圖
eccDNA的長度分布圖表明：eccDNA在兩個區域富集，一是~200bp的區域，另一個是300-450bp的區域。
不同功能區域的eccDNA的甲基化水平統計
E.eccDNA甲基化測序樣品要求
cfDNA: > 50 ng
血漿：> 5 mL
細胞：> 2 x 107
組織：> 100 mg
其他樣品類型咨詢021-64878766當地銷售
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全轉錄組測序
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