跨越緯度突破精度! 斑馬魚(yú)和10x Genomics深化合作

10x Genomics 三大技術(shù)解鎖生物學(xué)全領(lǐng)域

10x Genomics單細(xì)胞、空轉(zhuǎn)、原位三大技術(shù)總覽

Chromium單細(xì)胞解決方案

優(yōu)勢(shì)方案

檢測(cè)通量更大, 可并行運(yùn)行最多8個(gè)樣本，每個(gè)通道500-2萬(wàn)細(xì)胞(或細(xì)胞核); 細(xì)胞捕獲率高達(dá)80%、 雙細(xì)胞率低至0.4%雙細(xì)胞率/1000個(gè)細(xì)胞。

樣品(包括全血)先固定保存, 后續(xù)再?zèng)Q定用哪些樣本。每個(gè)通道最多批處理16個(gè)樣本(混樣)和128000個(gè)細(xì)胞。兼容FFPE樣品、新鮮或PFA固定的組織、細(xì)胞和細(xì)胞核樣品。

Visium HD -高清晰度探索空間全轉(zhuǎn)錄組

Visium HD  單細(xì)胞水平全轉(zhuǎn)錄組

• 人和小鼠的空間全轉(zhuǎn)錄組分析

• 高質(zhì)量數(shù)據(jù): 針對(duì)每個(gè)基因設(shè)計(jì)3組 RNA 模板連接（RTL）探針組，確保高靈敏度和高特異性; 精確的儀器驅(qū)動(dòng)雙識(shí)別區(qū)域探針捕獲

• 單細(xì)胞水平：由2μm條形碼方塊無(wú)縫連接組成連續(xù)的6.5 mm網(wǎng)格

• 檢測(cè)通量:  捕獲區(qū)域6.5 mm X 6.5 mm X 2(每張芯片)或11 mm X 11 mm X 2(每張芯片)

• 廣泛的組織兼容性: 無(wú)需對(duì)不同組織做優(yōu)化

• CytAssist:

  −無(wú)需修片

  −精準(zhǔn)的轉(zhuǎn)錄本定位和捕獲

  −靈活的組織切片區(qū)域選擇

  −廣泛的可及性：新制備的組織切片或已存檔的FFPE、H&E染色載玻片

  −降低實(shí)驗(yàn)難度, 避免組織貼片導(dǎo)致的樣品損失和實(shí)驗(yàn)失敗

• 經(jīng)驗(yàn)證的FFPE(20+種組織驗(yàn)證)、新鮮冷凍(7種組織驗(yàn)證)或固定冷凍組織(5種組織驗(yàn)證)樣品實(shí)驗(yàn)方案

• 增強(qiáng)的組織形態(tài)學(xué)：在同一切片上進(jìn)行H&E或IF染色

• 強(qiáng)大的分析和可視化: Space Ranger & Loupe Browser

Xenium in Situ  亞細(xì)胞水平的精確轉(zhuǎn)錄組信息與組織形態(tài)學(xué)的

結(jié)合

一張切片, 一個(gè)panel 實(shí)現(xiàn)小鼠全組織分析(~1.4 M cells and ~177 M transcripts)

目標(biāo)基因精準(zhǔn)的亞細(xì)胞定位揭示組織局部的細(xì)胞信息

Xenium in Situ  高通量、高分辨率、簡(jiǎn)單易用

• 靈活的預(yù)制panel和可定制化panel檢測(cè), 兼容FF和FFPE樣本

  −11個(gè)經(jīng)過(guò)高度優(yōu)化和驗(yàn)證的248-5006個(gè)基因的組織特異性或多組織panel (可增加定制多達(dá)100個(gè)靶標(biāo))

  −或50-480個(gè)基因的獨(dú)立全定制

  −或不同物種、異構(gòu)體/基因異位、異體移植物、外源序列、SNVs和TCR/BCR Profiling的高級(jí)定制

• 掛鎖探針化學(xué)設(shè)計(jì), 四步驗(yàn)證, 可實(shí)現(xiàn)與單細(xì)胞測(cè)序相當(dāng)?shù)母哽`敏度, 可靠地捕獲短基因和降解的FFPE轉(zhuǎn)錄物

• 精確的細(xì)胞分割: 利用多個(gè)形態(tài)特征(細(xì)胞膜、細(xì)胞核、細(xì)胞內(nèi)容物RNA核細(xì)胞內(nèi)容物蛋白)和專(zhuān)門(mén)設(shè)計(jì)的算法, 實(shí)現(xiàn)數(shù)據(jù)驅(qū)動(dòng)且高度可信的轉(zhuǎn)錄本-細(xì)胞分配, 適用于所有組織的相同染色方法和protocol。

• 簡(jiǎn)單的工作流程: 從切片到上機(jī)檢測(cè)只需2.5天時(shí)間（包括細(xì)胞分割染色），其中濕實(shí)驗(yàn)4-5小時(shí)

• 大的可分析區(qū)域和快速的運(yùn)行時(shí)間: 10.5 X 22.5 mm X 2捕獲區(qū)域, v1需要2.6天，5k 不到六天的運(yùn)行時(shí)間

• 無(wú)需根據(jù)組織類(lèi)型優(yōu)化樣品制備, 在廣泛的組織/細(xì)胞類(lèi)型中表現(xiàn)良好的準(zhǔn)確

• 非破壞性的實(shí)驗(yàn)流程：能夠在同一部分上運(yùn)行多個(gè)分析（如IF、H&E和Visium HD）

• 強(qiáng)大直觀的可視化分析: Xenium運(yùn)行完成后，立即對(duì)每張組織切片的每個(gè)成像區(qū)域進(jìn)行直觀的數(shù)據(jù)可視化, 開(kāi)放文件格式兼容眾多第三方工具。

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