因美納NovaSeq™ X Plus RNA-Seq測序應(yīng)用說明發(fā)布

瀏覽次數(shù)：5120　發(fā)布日期：2024-5-17　來源：本站　本站原創(chuàng)，轉(zhuǎn)載請注明出處

多組學(xué)提供了一種綜合方法，可幫助我們在多個生物學(xué)層面不斷探索，獲得新發(fā)現(xiàn)。通過將基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、表觀遺傳學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)的數(shù)據(jù)相結(jié)合，研究人員可以更全面地了解正常發(fā)育、細胞反應(yīng)和疾病相關(guān)的分子變化，而轉(zhuǎn)錄組學(xué)往往是多組學(xué)整合中必不可少的一環(huán)：

轉(zhuǎn)錄組學(xué)+基因組學(xué)

對全基因組關(guān)聯(lián)研究（GWAS）中發(fā)現(xiàn)的變異進行注釋和優(yōu)先排序，以了解疾病機制。

轉(zhuǎn)錄組學(xué)+表觀遺傳學(xué)

研究基因調(diào)控與基因表達之間的聯(lián)系，以了解控制目標表型的機制。

轉(zhuǎn)錄組學(xué)+蛋白質(zhì)組學(xué)

同時定量 RNA 和蛋白質(zhì)表達，全面了解細胞功能和活動。

超高的通量和準確性

NovaSeq™ X系列為生產(chǎn)規(guī)模的RNA-Seq或多組學(xué)研究等數(shù)據(jù)密集型應(yīng)用提供了超高的通量和準確性。三種流動槽類型支持多種運行配置，提高了靈活性和可擴展性。NovaSeq™ X系列試劑盒中的XLEAP-SBS試劑在性能和速度方面經(jīng)過了優(yōu)化，可在不犧牲數(shù)據(jù)質(zhì)量的情況下大幅提高通量。與NovaSeq™ 6000基因測序儀相比，NovaSeq™ X系列能以更短的運行時間顯著提高通量（表1）：

表1：測序輸出量相當，運行時間顯著縮短

進一步改善測序指標

除了測序時長的縮短之外，NovaSeq™ X Plus基因測序儀在測序的質(zhì)量上也通過定制的暗循環(huán)方案，減少了測序過程中出現(xiàn)首堿基T懸垂（RNA文庫制備過程中連接測序接頭時產(chǎn)生的副產(chǎn)物）的情況，從而進一步改善了測序指標。在下面的表格中，我們比較了常用的四款測序試劑盒（NovaSeq™ X Plus 1.5B、10B、25B測序試劑盒300循環(huán)包裝和NovaSeq 6000 S4測序試劑盒200循環(huán)包裝）在RNA-Seq測序中的常見運行指標（表2）：

表2：總RNA-Seq 的測序運行指標

以上結(jié)果表明，在NovaSeq™ X Plus基因測序儀上生成的總RNA-Seq數(shù)據(jù)超出了已公布的數(shù)據(jù)質(zhì)量規(guī)范，也優(yōu)于使用NovaSeq™ 6000基因測序儀生成的結(jié)果。

隨后我們將所有樣本的測序數(shù)據(jù)取10M read，使用DRAGEN™ RNA pipeline v4.0.4版本比較了基因表達數(shù)據(jù)，并將數(shù)據(jù)與基因組參考序列聯(lián)盟的人類標準基因 GRCh38 （hg38 組裝序列）進行了比對。結(jié)果表明，對于所有NovaSeq™ X系列流動槽中的總RNA-Seq，兩個平臺的測序比對指標（包括重復(fù)率、已定位 read 百分比和唯一 read百分比）顯示出出色的一致性（R2>0.99）（圖3和圖4）。同樣，融合檢出數(shù)據(jù)在兩個平臺上也都表現(xiàn)出色（圖5）。這些結(jié)果表明，在NovaSeq™ X系列上進行全轉(zhuǎn)錄組測序產(chǎn)生的數(shù)據(jù)質(zhì)量達到或超過了NovaSeq™ 6000基因測序儀的性能。

圖3：NovaSeq™ X Plus和NovaSeq™ 6000基因測序儀之間的RNA-Seq數(shù)據(jù)一致性——測序數(shù)據(jù)顯示，在所有NovaSeq™ X系列流動槽和所評估樣本（HL60、KS62 和MCF7，多次運行）的總RNA-Seq中，兩個平臺之間的一致性非常好，R2> 0.99。

圖4：NovaSeq™ X Plus 和NovaSeq™ 6000基因測序儀上的RNA-Seq比對指標——包括重復(fù)率、已定位read百分比和唯一read 百分比在內(nèi)的測序比對指標顯示，兩個平臺之間具有出色的一致性（在所有NovaSeq X系列流動槽和所評估樣本（HL60、KS62和MCF7）中，總RNA-Seq的R2> 0.99）。

圖5：NovaSeq™ X Plus和NovaSeq™ 6000基因測序儀之間的融合檢出數(shù)據(jù)一致性——對于不同的流動槽，兩種平臺上的融合檢出數(shù)據(jù)均表現(xiàn)出色。

總結(jié)
NovaSeq X系列的RNA-Seq提供了簡化的從RNA到結(jié)果的工作流程，集強大功能、速度和靈活性于一身，可實現(xiàn)高通量轉(zhuǎn)錄組分析。將 NovaSeq X Plus基因測序儀的全轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)與使用NovaSeq 6000基因測序儀生成的數(shù)據(jù)進行了直接比較。

結(jié)果表明，對于 NovaSeq X Plus 基因測序儀的所有三種流動槽配置，NovaSeq X系列的性能均達到或優(yōu)于 NovaSeq 6000基因測序儀的性能，為從基因表達分析到全轉(zhuǎn)錄組發(fā)現(xiàn)研究的各種 RNA-Seq項目提供了可擴展性。NovaSeq X系列的轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析可與其他組學(xué)研究相結(jié)合，從而獲得深入的生物學(xué)見解。

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