CNS文章的生信分析培訓(xùn)班通知

 
【課程簡(jiǎn)介】
學(xué)生信一次報(bào)班從此以后再也不用東拼西湊反復(fù)報(bào)名各類培訓(xùn)班，
系統(tǒng)學(xué)生信，一次學(xué)到位，包教包會(huì)。
二個(gè)月從零基礎(chǔ)開(kāi)始，精細(xì)化講解 將生信內(nèi)容全部學(xué)懂（理解）、學(xué)會(huì)（會(huì)敲代碼分析）、學(xué)透徹（站在頂層設(shè)計(jì)角度理解）、學(xué)以致用（用到自己的標(biāo)書(shū)申請(qǐng)和文章發(fā)表中）
學(xué)不會(huì)一直學(xué)，直到學(xué)會(huì)才畢業(yè)
【授課老師】
華哥：中山大學(xué)博士 指導(dǎo)過(guò)多篇CNS文章生信分析 參與多項(xiàng)國(guó)自然重點(diǎn)、國(guó)家重大專項(xiàng)、孔雀計(jì)劃等項(xiàng)目申報(bào) 有多年生信教學(xué)經(jīng)驗(yàn)，學(xué)員遍布協(xié)和、華西、湘雅、瑞金、中山醫(yī)等著名醫(yī)院
【課程安排】每周二四六晚上每節(jié)課三個(gè)多小時(shí)
第一節(jié)課：r語(yǔ)言基礎(chǔ)學(xué)習(xí) 包括r和rstudio的安裝、環(huán)境配置、數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)等基礎(chǔ)內(nèi)容學(xué)習(xí)
第二節(jié)課：在實(shí)戰(zhàn)中進(jìn)一步提升對(duì)r語(yǔ)言的學(xué)習(xí)，主要以geo的芯片數(shù)據(jù)下載、整理、分析為主。
第三節(jié)課：芯片數(shù)據(jù)分析（主要系統(tǒng)指導(dǎo)如何使用geo數(shù)據(jù)庫(kù)畫(huà)生存曲線，以及無(wú)進(jìn)展、無(wú)疾病、多分組的的生存曲線畫(huà)圖，包括熱圖 火山圖 箱線圖 小提琴圖 ）
第四節(jié)課：rnaseq數(shù)據(jù)分析（包括系統(tǒng)講解主流的Deseq2、Edger、limma-voom三種差異分析的方法）
第五節(jié)課：基因集富集分析 gsva gsea kegg go富集 包括自定義基因集的富集分析以兩篇nature子刊文章為例，系統(tǒng)講解如何進(jìn)行參數(shù)調(diào)整得到符合文章趨勢(shì)的富集結(jié)果
第六節(jié)課：tcga 數(shù)據(jù)下載 整理 差異分析 結(jié)果畫(huà)圖展示
第七節(jié)課：非監(jiān)督共識(shí)聚類算法系統(tǒng)講解以兩篇cell文章為例 通路分組的生存曲線 轉(zhuǎn)錄因子富集
第八節(jié)課：wgcna算法系統(tǒng)講解以nature文章為例，系統(tǒng)講解三種免疫浸潤(rùn)的算法，以及三種算法的具體應(yīng)用場(chǎng)景和區(qū)別以及參數(shù)調(diào)整技巧
第九節(jié)課 ：?jiǎn)渭?xì)胞數(shù)據(jù)讀取以nature文章為例，創(chuàng)建seurat對(duì)象 質(zhì)控 s4對(duì)象的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)的系統(tǒng)講解
第十節(jié)課:繼續(xù)以nature文章為例系統(tǒng)闡釋降維、聚類等概念，細(xì)胞亞群注釋三種方法
第十一節(jié)課：多個(gè)樣本整合的單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析 包括錨定和harmony兩種主流的單細(xì)胞數(shù)據(jù)整合算法，同時(shí)講解多線程運(yùn)算原理和實(shí)操。
第十二節(jié)課：?jiǎn)渭?xì)胞差異分析 metadata理解 分組添加 可視化畫(huà)圖 熱圖 氣泡圖
第十三節(jié)課：以nature文章為例系統(tǒng)auc算法計(jì)算通路活性，單細(xì)胞差異基因的富集分析 gsea 亞群的gsva  auc 轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測(cè)
第十四節(jié)課：系統(tǒng)講解擬時(shí)間分析 包括monocle2 和monocle3 做3d擬時(shí)間
第十五節(jié)課：系統(tǒng)講解scenic算法 轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析
第十六節(jié)課：系統(tǒng)講解cellphonedb、cellchat、italk三種主流分析細(xì)胞互作的軟件
第十七節(jié)課：infercnv和以cell文章為例的自定義算法的染色體拷貝數(shù)變異
第十八節(jié)課：?jiǎn)渭?xì)胞非負(fù)矩陣 cnn降維 非共識(shí)聚類 以及單細(xì)胞的wgcna
第十九節(jié)課：以cell文章為例 系統(tǒng)講解單細(xì)胞的RNA velocity應(yīng)用
第二十節(jié)課：系統(tǒng)學(xué)習(xí)linux操作系統(tǒng) chipseq全流程分析以nature文章為例 包括質(zhì)控 上數(shù)據(jù)比對(duì) 、MACS2、IGV進(jìn)行可視化
第二十一節(jié)課：chipseq下游的motif富集 不同處理直接的峰值overlap韋恩圖 差異paek尋找 peak注釋 以cell文章為例超級(jí)增強(qiáng)子尋找
第二十二節(jié)課：Atacpseq全流程分析包括MappingQC、多個(gè)重復(fù)樣本合并、Peakcalling、bedGraphToBigWig、TSS Enrichment、bedtools計(jì)算overlap、IDR評(píng)估、可視化。
第二十三節(jié)課：WES分析、gatk使用、VCF下游分析、annovar注釋
第二十四節(jié)課： 單細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄組的注釋以及可視化
第二十五節(jié)課：以優(yōu)秀標(biāo)書(shū)為例，講解如何將所學(xué)生信分析應(yīng)用于國(guó)自然標(biāo)書(shū)申請(qǐng)+課程大總結(jié)
 
【主辦單位】
瑋瑜科研平臺(tái)（上海瑋瑜生物科技有限公司）
【承辦單位】
上海瑋瑜生物科技有限公司
上海焦務(wù)科技服務(wù)中心
【培訓(xùn)時(shí)間】
2022年1月4日開(kāi)始
【注冊(cè)費(fèi)用】
注冊(cè)費(fèi)用：8800元/人
可開(kāi)會(huì)務(wù)、注冊(cè)、檢測(cè)、分析服務(wù)等發(fā)票
【繳費(fèi)賬號(hào)】
A：匯款賬戶
戶 名：上海焦務(wù)科技服務(wù)中心  賬戶號(hào)：9734 0078 8012 0000 0311
開(kāi) 戶 行：上海浦東發(fā)展銀行大華支行 
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C：信用卡或公務(wù)卡支付
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【聯(lián)系人】
聯(lián)系人：謝老師 13611825136     
報(bào)名郵箱： wybiot@126.com

參考附件：報(bào)名回執(zhí)表