IPA&CLC軟件限時免費使用助力新冠抗疫

上海康昱盛自2009年成立以來，在多組學(xué)分析領(lǐng)域積累了豐富的經(jīng)驗，長期致力于提供前沿的基因組學(xué)，蛋白組學(xué)，代謝組學(xué)和脂質(zhì)組學(xué)優(yōu)質(zhì)軟件解決方案。 

在這個特殊時期，康昱盛希望能夠為國內(nèi)新冠相關(guān)研究提供力所能及的幫助，作為凱杰生物信息產(chǎn)品線國內(nèi)代理商，將聯(lián)合凱杰公司為中國正在進行SARS-CoV-2病毒及COVID-19疾病研究的科
研工作者提供：

CLC Genomics Workbench & Ingenuity Pathway Analysis（IPA）限時免費！ 

CLC Genomics Workbench

國際主流的二代測序分析綜合分析平臺CLC Genomics Workbench提供基因組，轉(zhuǎn)錄組，表觀基因組和宏基因組的綜合數(shù)據(jù)分析。

CLC可以提供快速準(zhǔn)確地組裝新冠病毒全基因組、基因功能注釋及遺傳進化的一鍵式分析，為深入了解病毒的和零號病人發(fā)現(xiàn)的基因遺傳特性，得到病毒的進化根源以及和其它病毒的關(guān)系。特別是在SARS-CoV-2廣泛傳播過程中，發(fā)生突變位點的檢測，構(gòu)建病毒的傳播和進化關(guān)系上顯得尤為重要。


Ingenuity Pathway Analysis（IPA）

生物通路分析軟件方案Ingenuity Pathway Analysis（IPA）通過其自有的Ingenuity Knowledge Base（IKB）知識庫，為基因組、轉(zhuǎn)錄組、蛋白質(zhì)組和代謝組提供更深刻的生物學(xué)洞見。
IPA可以在研究數(shù)據(jù)中通過建模，分析并理解復(fù)雜生物和化學(xué)系統(tǒng)。預(yù)測下游的效應(yīng)，上游調(diào)控，發(fā)現(xiàn)分子間的因果關(guān)系。尋找潛在生物標(biāo)志物，藥物靶點。探索COVID-19疾病的生物學(xué)機制和幫助新藥研發(fā)，藥物機理研究。通過IPA，對自己實驗獲得的數(shù)據(jù)洞察其中的生物學(xué)意義，也可將自己的數(shù)據(jù)和已經(jīng)公開發(fā)表的數(shù)據(jù)集進行匹配，比較驗證。
背景介紹

CLC Genomics Workbench

CLC Genomics Workbench 是一款生物信息學(xué)綜合分析軟件，可用于基因組學(xué)，轉(zhuǎn)錄組學(xué)和表觀遺傳組學(xué)的數(shù)據(jù)分析。支持MAC OS X，Windows和Linux平臺。軟件通過ISO 9001:2015認(rèn)證，可分析和顯示所有主流測序儀產(chǎn)生的測序數(shù)據(jù)。友好而直觀的操作界面，只需要鼠標(biāo)點擊就可以完成二代測序的相關(guān)分析，方便科研工作者將更多的時間投入研究領(lǐng)域。目前許多研究人員已在多個頂級期刊應(yīng)用CLC發(fā)表關(guān)于新冠研究的論文，比如NEJM^[1], The Lancet^[2]等。

應(yīng)用1：重測序分析——可用于新冠病毒序列研究

CLC Genomics Workbench支持用于高精度檢測和比較遺傳變異的完整重測序流程。包括最開始的QC，Read mapping和最后的Local realignment用來顯著提高精度和降低假陽性。檢測的變異主要涉及SNV，MNV 和InDels，并進行相關(guān)注釋，過濾和功能分析。除此之外，軟件還支持Genome Browser，可以將各個分析步驟的結(jié)果在同一界面進行可視化操作。
應(yīng)用2：宏基因組——新冠病毒遺傳進化分析，功能注釋，組裝

CLC具有一套完整的微生物測序分析。以前收費的插件CLC Microbial Genomics Module和CLC Genome Finishing Module現(xiàn)在完全限時免費啦! 主要涉及微生物的種群鑒定MLST，抗生素耐藥性分析，宏基因組的拼接，注釋和比較分析，微生物種群分析（16S，18S和ITS擴增子分析，αβ多樣性分析等）。
應(yīng)用3:RNA-seq——新冠病人轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析

RNA-seq的分析常用來檢測差異基因，CLC在進行數(shù)據(jù)的質(zhì)控后，可計算基因和轉(zhuǎn)錄本的表達值，比如Total Counts, Unique Counts, TPM和RPKM，然后將統(tǒng)計結(jié)果進行可視化選項進行可視化：火山圖，熱圖，PCA圖和維恩圖等。


Ingenuity Pathway Analysis（IPA）

IPA搭建了Ingenuity Knowledge Base（IKB）知識庫。該數(shù)據(jù)庫自1998年起開始構(gòu)建，著重收集生命科學(xué)、醫(yī)學(xué)各領(lǐng)域權(quán)威雜志全中文中的生物信息，目前含有近700萬條生物學(xué)知識，并與多個權(quán)威數(shù)據(jù)庫合作，綜合其他權(quán)威生物學(xué)知識，保證IPA軟件提供的每條信息都有高影響因子的文獻支持，從而提供正確詳盡的生物學(xué)數(shù)據(jù)分析解決方案。

目前SARS-CoV-2的研究重點已經(jīng)從病毒本身的檢測和臨床治療手段開發(fā)，轉(zhuǎn)移到致病機制的揭示和潛在治療靶點的尋找上，IPA兩個不同導(dǎo)向的解決方案助力SARS-CoV-2研究。
導(dǎo)向1：以問題為導(dǎo)向——My pathway構(gòu)建

基于IPA的IKB知識庫，使用IPA查詢功能，避免耗時費力的人工文獻查閱篩選工作，加速新冠研究項目設(shè)計效率。研究人員可以快速找到SARS-CoV-2相關(guān)疾病的分子信息，并對其進行篩選；也可以尋找感興趣的分子之間的關(guān)系，構(gòu)建互作網(wǎng)絡(luò)；還可以對網(wǎng)絡(luò)進行拓展，整合和美化。且無需我們提供任何實驗數(shù)據(jù)，可以為背景調(diào)研，項目開題提供強大的信息支持。
導(dǎo)向2：數(shù)據(jù)為導(dǎo)向——疾病功能、經(jīng)典信號通路，互作網(wǎng)絡(luò)，上游調(diào)控因果網(wǎng)絡(luò)等

IPA可以針對基因組學(xué)，蛋白組學(xué)或代謝組學(xué)實驗數(shù)據(jù)，進行一站式的數(shù)據(jù)分析和深度挖掘，其中包括疾病功能相關(guān)性分析，生物學(xué)下游效應(yīng)分析，經(jīng)典通路相關(guān)性分析，通路活性效應(yīng)預(yù)測，轉(zhuǎn)錄調(diào)控分析，轉(zhuǎn)錄因子互作分析，非經(jīng)典信號通路預(yù)測，互作網(wǎng)絡(luò)分析等等。所有分析結(jié)果均可提供原始文獻出處，所有結(jié)果均保證來源于高影響因子的文獻中的驗證實驗結(jié)果。幫助我們尋找可能的疾病標(biāo)志物，藥物作用靶標(biāo)，對于SARS-CoV-2的致病機理，和新藥研發(fā)提供強大助力！

IPA的一站式組學(xué)數(shù)據(jù)分析解讀方案，采用每周統(tǒng)一更新的背景知識庫。在大大提高分析效率的同時，也避免了傳統(tǒng)生物通路分析流程會出現(xiàn)的，在各個數(shù)據(jù)庫平臺間切換時，因軟件算法、背景數(shù)據(jù)庫質(zhì)控標(biāo)準(zhǔn)或更新不一致引起的誤差。
 
活動須知

1、活動時間：即日起至6月15日
2、申請條件：
a)   科研院校PI發(fā)送關(guān)于軟件的試用申請（務(wù)必與新冠研究相關(guān)）
b)   關(guān)注康昱盛微信公眾號并轉(zhuǎn)發(fā)“史無前例！助力新冠， IPA & CLC軟件限時免費使用！！”本條微信至朋友圈，集齊11個贊，截圖。
將試用申請及朋友圈集贊截圖，發(fā)至marketing@cloudscientific.com。

收到您的申請后，我們將在一個工作日聯(lián)系您。
本活動最終解釋權(quán)歸于上海康昱盛信息科技有限公司和凱杰企業(yè)管理（上海）有限公司所有。

我們將在四月中旬舉辦“運用IPA軟件探究ACE2分子研究現(xiàn)狀、探尋相關(guān)基因表達和新冠相關(guān)疾病之間的網(wǎng)絡(luò)調(diào)控關(guān)系”的IPA免費在線講座，敬請關(guān)注！

參考文獻
[1] A Novel Coronavirus from Patients with Pneumonia in China, 2019. NEJM, DOI: 10.1056/NEJMoa2001017
[2] Genomic characterisation and epidemiology of 2019 novel coronavirus: implications for virus origins and receptor binding. The Lancet, DOI: https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)30251-8

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