全自動DNA脈沖場回收助孕婦 cfDNA 全基因組甲基化研究
文獻速遞：Pippin HT系列全自動大片段DNA脈沖場電泳回收儀聯用Illumina測序平臺，用于對孕婦cfDNA進行全基因組甲基化研究
Genome-wide methylation profiling of maternal cell-free DNA using methylated DNA sequencing (MeD-seq) indicates a placental and immune-cell signature【European Journal Of Clinical Investigation】
使用DNA甲基化測序（MeD-seq）對母體cfDNA進行全基因組甲基化分析，顯示出胎盤和免疫細胞特征
期刊：European Journal Of Clinical Investigation（IF：4.4）
發表年份：2024 年 11 月
物種：人
文庫類型：cfDNA文庫
文庫富集和精準回收：Sage Science公司Pippin HT系列全自動大片段DNA脈沖場電泳回收儀
基因組測序：Illumina NextSeq2000二代測序儀
研究背景：胎盤功能對胎兒發育至關重要，但直接研究胎盤組織存在局限。胎盤來源的 cfDNA 為研究胎盤（表觀）遺傳編程提供機會，DNA 甲基化在胎盤發育中意義重大，不過研究 cfDNA 甲基化組面臨諸多挑戰，如胎盤來源 cfDNA 占比低、檢測技術成本高或覆蓋度有限。MeD-seq 技術適用于低濃度 cfDNA 且基因組覆蓋度高，本研究旨在探討其分析孕早期母體 cfDNA 甲基化組的可行性。
研究方法：
研究方法：
- 樣本收集：從非孕婦（6 名女性、12 名男性）、孕婦（10 名）、孕早期胎盤組織（10 例）以及配對的孕前和孕早期血沉棕黃層（共 20 例）采集樣本。
- 樣本處理與 DNA 提取：血漿經離心獲取 cfDNA，血沉棕黃層經離心分離后提取 DNA，胎盤組織經處理后提取 DNA。
- MeD-seq 檢測與數據分析：對 DNA 進行 MeD-seq 檢測，經酶切、文庫構建和測序后，通過生物信息學流程分析數據，鑒定差異甲基化區域（DMRs），并研究其與胎盤和血沉棕黃層 DNA 甲基化的重疊情況，根據 Y 染色體甲基化確定胎兒性別。
研究結果：
- DMRs 鑒定：在孕婦和非孕婦 cfDNA 間鑒定出 436 個 DMRs，其中 338 個（77.5%）在孕婦中高甲基化，且男性 cfDNA 驗證了結果的可靠性。
- 胎盤來源甲基化特征：多數孕婦 cfDNA 中高甲基化的 DMRs 在胎盤組織中也存在，RASSF1 啟動子在孕婦 cfDNA 和胎盤組織中甲基化水平較高，但經校正后部分差異無統計學意義。
- 胎兒性別鑒定：基于 Y 染色體甲基化區域可確定胎兒性別，懷男孩的孕婦 Y 染色體區域呈高甲基化。
- DMRs 來源分析：多數孕婦 cfDNA 中的 DMRs 在血沉棕黃層中也存在，表明孕期免疫反應增強；同時鑒定出 16 個可能的胎盤特異性 DMRs，如 TMEM240、DHRS3 等區域。
討論：MeD-seq 可用于研究孕期母體 cfDNA 甲基化組，鑒定出胎盤特異性甲基化標記和胎兒性別，但仍存在一定局限性。研究結果提示 cfDNA 甲基化特征受胎盤和免疫細胞共同影響，未來可結合更多 cfDNA 特征提高組織溯源準確性，還需建立特定胎盤細胞類型的甲基化參考圖譜。
研究結論：本研究證實了 MeD-seq 技術分析母體 cfDNA 甲基化組的可行性，表明孕期 cfDNA 甲基化特征有胎盤和免疫細胞來源，為后續產前基因檢測和產科并發癥研究提供方向，但還需進一步研究其在臨床實踐中的應用價值。
研究結論：本研究證實了 MeD-seq 技術分析母體 cfDNA 甲基化組的可行性，表明孕期 cfDNA 甲基化特征有胎盤和免疫細胞來源，為后續產前基因檢測和產科并發癥研究提供方向，但還需進一步研究其在臨床實踐中的應用價值。
文中使用Pippin HT系列全自動大片段DNA脈沖場電泳回收儀回收“32bp+測序接頭”的cfDNA甲基化測序文庫，有效去除二聚體和非目標片段，再使用Illumina NextSeq2000二代測序儀上機測序。
原文
van Vliet, Marjolein M., et al. "Genome‐wide methylation profiling of maternal cell‐free DNA using methylated DNA sequencing (MeD‐seq) indicates a placental and immune‐cell signature." European Journal of Clinical Investigation (2024): e14363.
美國Sage Science是全球領先的全自動DNA脈沖場電泳回收儀的生產廠家，擁有美國技術專利，各個型號產品可以高效完成不同長度范圍的DNA片段的精準回收，廣泛用于二代測序、三代測序以及多種分子生物學相關領域。
原文
van Vliet, Marjolein M., et al. "Genome‐wide methylation profiling of maternal cell‐free DNA using methylated DNA sequencing (MeD‐seq) indicates a placental and immune‐cell signature." European Journal of Clinical Investigation (2024): e14363.
美國Sage Science是全球領先的全自動DNA脈沖場電泳回收儀的生產廠家，擁有美國技術專利，各個型號產品可以高效完成不同長度范圍的DNA片段的精準回收，廣泛用于二代測序、三代測序以及多種分子生物學相關領域。
在cfDNA、產前診斷NIPT領域，國內外眾多客戶（如“NIPT之父”、香港中文大學盧煜明教授研究團隊）均已配備Pippin系列全自動DNA脈沖場電泳回收儀，以提升低濃度、短片段和長片段cfDNA文庫的精準回收能力。
環亞生物科技有限公司作為美國Sage Science公司在中國區的獨家代理商，自2011年以來將Sage Science的產品線引入國內，一直為國內用戶提供專業的全自動核酸片段回收儀的安裝測試、應用培訓，技術支持與售后維護工作，贏得客戶的一致好評與信任。環亞生物科技有限公司將一如既往的支持越來越多的Sage Science用戶。
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地址：上海市松江區莘磚公路518號9幢502室
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