海外華人談Phenome 2020之普度大學(xué)楊揚(yáng)

受疫情影響，上周舉行的美國植物表型會議Phenome 2020并沒有來自中國大陸的代表。Phenome會議歷來是國際植物表型圈最棒的會議之一，為了更好的與國內(nèi)植物表型圈同仁分享會議進(jìn)展，我們邀請到幾位海外華人代表談一下他們的參會感想。今天來分享的是普度大學(xué)楊揚(yáng)博士。

自2017年起，每年一度，北美植物表型協(xié)會和美國植物生物協(xié)會都會在早春二月的沙漠共同主辦一場有關(guān)植物表型組學(xué)的大會——Phenome。至今年已是第四個(gè)年頭 (Phenome2020)。
 

從表型組學(xué)的角度，Phenome 應(yīng)該是這個(gè)領(lǐng)域在北美的頂級盛會，沒有之一。每年，組織者們都能請來分子生物學(xué)、育種、植物生理學(xué)或是計(jì)算機(jī)科學(xué)、工程等等領(lǐng)域的大牛們來作精彩的專題報(bào)告。同時(shí)來自北美、歐、亞太等地這些領(lǐng)域的中堅(jiān)與新星也都積極參與這個(gè)平臺，一來分享各自的科研進(jìn)展與心得，二來也借由盛會了解植物表型的最新動態(tài)。當(dāng)然，最讓大家開森的是可以認(rèn)識各個(gè)領(lǐng)域的新（/🐂牛）朋友們——我今年又很開心地認(rèn)識了好些冉冉升起的新星——后生可畏呀。
 

今年的大會一如既往的請來了根系表型、生態(tài)與生物信息學(xué)以及人工智能方面的大牛們來“布道”。他們分享的數(shù)據(jù)、經(jīng)驗(yàn)以及對未來格局的展望都給人留下深刻的印像。而覆蓋了算法開發(fā)與應(yīng)用、根系表型、傳感器系統(tǒng)開發(fā)、分子生物學(xué)、育種學(xué)等方方面面的專題演講也讓人有耳目一新的感覺。
 

比如Danforth Center 李茂博士不僅成功地開發(fā)出幾何形狀分析在植物表型中的算法，并且已經(jīng)成功的將其應(yīng)用在花鏸的表型研究當(dāng)中。來自日本的三維圖像形成與幾何形狀分析與李博士的報(bào)告有異曲同工之妙。
 

根系表型一直是植物表型研究的重點(diǎn)和難點(diǎn)。這次的報(bào)告中，既有探地雷達(dá)的應(yīng)用探索，也有新算法的開發(fā)，當(dāng)然也少不了根系表型的具體應(yīng)用。佛州和Nebraska 的算法都是基于深度學(xué)習(xí)。但是他們沒有不加選擇地CNN完事，而是積極認(rèn)真地探究了如何更有效地應(yīng)用深度學(xué)習(xí)平臺的能力。他們的成果應(yīng)該是代表著未來植物表型與深度學(xué)習(xí)嵌合的方式與方向。
 

五分鐘閃電演講也是Phenome的傳統(tǒng)，今年的一檔 五分鐘閃電由IOWA STATE的跨學(xué)科博士生們“包場”。這些學(xué)生和其他的演講者們向大家展示了他們獨(dú)特的跨學(xué)科，跨領(lǐng)域的知識結(jié)構(gòu)與專長。想想十年前我們組隊(duì)時(shí)的一將難求，再看看今天的跨專業(yè)的綜合型人才們，不由人不感嘆植物表型學(xué)的發(fā)展之快，也讓人欣慰的看到來日可期。
 

Phenome另的一個(gè)好傳統(tǒng)是學(xué)術(shù)界與工業(yè)界的緊密結(jié)合。今年也不例外。除了Bayer 和 Climate Corp 熱情地贊助了會議中的晚宴外，各相關(guān)供應(yīng)商也像往年一樣向與會者展示與植物表型相關(guān)的傳感器、平臺以及數(shù)據(jù)管理系統(tǒng)。其中Iowa State 湯教授團(tuán)隊(duì)的PhenoBot 3.0 和Purdue大學(xué)的GRYFN氣和般地涵蓋了地面與空中的表型平臺的需要。湯教授的 PhenoBot 3.0薈萃了機(jī)器人與傳感器發(fā)展的精華。很期待看到  PhenoBot 3.0在更多場景中的應(yīng)用。
 

所謂天下無不散的宴席。歷經(jīng)四個(gè)沙漠中的春天后，我們在大會的最后一天獲悉明年ASPB不再主辦Phenome。好在NAPPN 和IPPN 的發(fā)展都很健康、活躍。相信明年會有不同形式的盛會。讓我們一起期待！
 

楊揚(yáng)，博士，普渡大學(xué)植物表型中心主任。

楊揚(yáng)博士在華中農(nóng)業(yè)大學(xué)獲得農(nóng)業(yè)工程專業(yè)本科和碩士學(xué)位，在俄亥俄州立大學(xué)獲得生物系統(tǒng)工程專業(yè)博士學(xué)位，并在普渡大學(xué)進(jìn)行了控制環(huán)境（下）農(nóng)業(yè)研究的博士后工作。他在植物傳感技術(shù)、作物模型、遙感數(shù)據(jù)分析工具、控制環(huán)境下的農(nóng)業(yè)生產(chǎn)等領(lǐng)域有超過15年的工作經(jīng)驗(yàn)。他同時(shí)擁有在公立研究單位和私營企業(yè)的工作經(jīng)驗(yàn)，例如他在美國農(nóng)業(yè)部研究院（USDA/ARS）曾任職研究工程師從事作物模型工作，在陶氏（現(xiàn)在的科迪華）曾任職高級研究科學(xué)家領(lǐng)導(dǎo)建設(shè)了田間和溫室植物表型平臺，并協(xié)助陶氏進(jìn)行數(shù)字農(nóng)業(yè)的研發(fā)工作。
 

目前，楊揚(yáng)博士任職普渡大學(xué)植物表型中心主任，負(fù)責(zé)包括印第安納玉米和大豆創(chuàng)新中心（ Indiana Corn and Soybean Innovation Center，ICSC）、控制環(huán)境表型設(shè)施（Controlled Environment Phenotyping Facility，CEPF）在內(nèi)的表型平臺的建設(shè)和運(yùn)營，并協(xié)調(diào)各種和高通量植物表型相關(guān)的研究工作。

擴(kuò)展閱讀：

國際植物表型網(wǎng)絡(luò)IPPN介紹和入會指南

植物表型資訊兩周年目錄匯總

植物表型資訊2019年1-12月目錄匯總

植物表型資訊2020年1-2月目錄匯總