OpGen全基因組圖譜技術助力完成無油樟基因組項目

日前，由美國弗羅里達大學等科研機構共同完成的“無油樟基因組”研究計劃，成功的繪制出了無油樟的完整基因組圖譜，首次解釋了被子植物在基因上與其他植物的區別，這或許可以解開“惱人”的被子植物起源之謎。這一項目的成果以三篇文章的形式，發表在12月19日的《Science》雜志上。

 

在該項研究中，研究人員首先利用羅氏454、Illumina對無油樟進行了基因組測序。接下來為了盡可能高的提升序列拼接質量，以及最大限度的減少缺口，研究人員采用了OpGen公司的全基因組圖譜技術（Whole Genome Mapping, WGM）來進行測序序列拼接。借助OpGen的Genome-Builder™組件，DNA單分子酶切圖譜被結合到測序得到的骨架上，從而拼接出更大的超級骨架，最終將基因組Scaffold N50和N90分別提高了2倍和2.4倍，最大的骨架達到23Mb。而且，OpGen全基因組圖譜的拼接結果得到了FISH以及454 paired-end數據的驗證。此外，研究人員還對無油樟進行了全基因組圖譜的de novo拼接，并利用de novo拼接結果對NGS測序拼接結果來進行校正。

 

更為重要的是，該研究還將OpGen全基因組圖譜技術的拼接數據與BAC-end sequence的拼接數據進行了比較。結果顯示，無論是N50、N90還是骨架數量，OpGen全基因組圖譜技術都要優于后者。文章中指出：“這些結果顯示，OpGen的GenomeBuilder™完全能夠取代BAC-end sequence的拼接方法。”“本研究所展示的與全基因組圖譜技術相結合的序列拼接策略，被證明是一種成功的基因組研究策略，即使是面對比無油樟具有更加復雜重復結構的基因組也完全能夠勝任。”

 

這是OpGen的全基因組圖譜技術又一次在頂級期刊上證明其在基因組研究中的價值。此前，利用這項技術完成的山羊、絳蟲、梅花、靈芝等基因組研究就發表在《Nature》及其子刊上。而OpGen的全基因組圖譜技術在這些實際案例中的成功應用，也證明了它無可比擬的成熟性與穩定性。

 

 

OpGen全基因組圖譜技術，利用全自動、高通量的方法，能夠對DNA單分子進行限制性內切酶圖譜分析，并將DNA單分子圖譜組裝成染色體水平甚至基因組水平的圖譜，即全基因組圖譜。目前，OpGen全基因組圖譜技術被廣泛用于基因組序列拼接、比較基因組學、微生物菌株分型等研究領域。其成功應用物種已超過300種，發表文獻超過120篇，包括《Lancet》、《Nature》、《Science》、《PNAS》等頂級期刊。

 

 

自2010年起，上海吉泰遠成生物科技有限公司成為OpGen公司中國區獨家代理商，全線代理OpGen的Argus™基因組光學圖譜系統。上海吉泰遠成生物科技有限公司是一家專注于生命科學和生物技術領域的高科技企業，是國內代理銷售生物試劑、儀器并自主研發生產的知名公司。目前公司已建立起全國性銷售、信息、物流網絡，總部設在上海。